更新3：我似乎通过设置fileEncoding参数和使用函数slidify(file.Rmd, encoding="UTF-8")的密切协调解决了问题，上面的链接会有所帮助，包括{{1}除了使用fix-encode进行滑动之外，还需要使用slidify分支，但它应该很快就会包含在主集中。我会把它留在这里用于存档目的。不能说解决它的确切问题，但问题可能是由于输入文件的编码与脚本文件不同，因为默认编码似乎会导致一些问题。我仍然不确定究竟发生了什么，但我对滑动的维护者Ramnathv积极参与所有这些讨论感到惊讶和惊讶。这个修复的故事也在上面的链接中。
我会将这篇文章保留在网上仅用于存档目的，也许其他人最终会遇到与我所处的非常相似的情况。
更新2：以前使用slidify进行编码存在问题，其中一些已经解决，这些链接中有更多信息：https://github.com/ramnathv/slidify/issues/377，http://kohske.github.io/ESTRELA/201412/index.html，{{ 3}}，https://github.com/ramnathv/slidify/issues/373
更新：打开包含utf-8字符的文件时，似乎会出现此问题。在文本的代码括号内编写install_github('ramnathv/slidify@fix_encode')似乎工作正常，但是当使用包含utf-8字符的变量打开文件时会导致脚本出现问题。使用knitr编译为html5时不会出现这些问题。谁知道两者之间的区别是什么？
r "õ,ä,ü"添加和编码参数，或者fileEncoding似乎没有帮助，html knitr似乎不需要它。
编辑：仍未解决，但我可能更接近原因。事实证明，虽然Rmd本身保存为UTF-8，但许多使用的数据集仍然在存储时恢复为ANSI。可能是混合文件类型的问题。最佳情况key <- read.csv("key1.csv", header = TRUE, sep = ";",
quote = "\"", dec = ".", fill = TRUE, comment.char = "")
print(key)
似乎使用正确编码的字符编译slidify(file.Rmd, encoding="UTF-8")，但是在数据处理期间，由于编码不匹配导致的错误已经发生。常规编织器Rmd到html转换没有发生这些问题。
我正在努力将html Rmarkdown文档转换为ioslides类型的Rmarkdown文档，我偶然发现了一个意想不到的问题。该文档在常规编织器构造中没有任何问题，但似乎在slidify中遇到与完全相同的代码，环境和目录的字符编码问题。
即，当遇到包含非拉丁字符（例如ä，ü，ö）的变量时，该编织器似乎崩溃，当输出文本包含这些字符时，它们将替换为“？”矩形。
我使用的是基于Claas-Thido Pfaff的例子：https://github.com/Koalha/landslide/blob/master/index.Rmd。我还没有找到一个指定或改变语言环境的地方（因为完全相同的文档可以正常使用html输出。
.md有什么想法吗？谢谢！
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根据@ Nisse-Engström的建议，我将最终解决方案作为答案而不是原始问题的更新发布。我相信修复编码现在应该整合到主要的slidify包中。
我似乎通过设置fileEncoding参数和使用函数slidify(file.Rmd, encoding="UTF-8")的密切协调来解决问题，上面的链接将有所帮助，因为除了slidify之外还需要包含slidify的fix-encode分支使用install_github('ramnathv/slidify@fix_encode')，但它应该很快就会包含在主集中。我会把它留在这里用于存档目的。不能说解决它的确切问题，但问题可能是由于输入文件的编码与脚本文件不同，因为默认编码似乎会导致一些问题。我仍然不确定究竟发生了什么，但我对滑动的维护者Ramnathv积极参与所有这些讨论感到惊讶和惊讶。这个修复的故事也在上面的链接中。