如何使用fasta数据作为R的.C（）函数中的参数

Question

我在c ++中使用名为“test.cc”的函数对我的方法进行编程。我的程序的语法是;

./test input.fasta theta > output.txt

input.fasta 是数据文件

>0 1000 0
100
>0 1000 1
100
>0 1000 2
101

Theta 是数值范围2到10。 输出存储在 output.txt 文件中。

开发R包;首先，我使用以下命令进行了编译。

R CMD SHLIB test.cc

生成“ test.dll ”文件。 我使用以下命令将其加载到R中;

dyn.load("test.dll")

我正在尝试调用测试函数，但在读取数据时会出错;

.C("test", as.double(input.fasta), as.integer(theta))

我没有使用此命令的经验;问题是我如何将input.fasta读取到.C（）并将输出写入文件。

如果您提供一些解决此问题的建议，我将感激不尽。