在bash中调用perl脚本来执行

Question

以下是我在perl函数中调用bash脚本的方法：但我得到了： c:\cygwin\home\cmccabe\bashparse.sh: line 156: C:\Users\cmccabe\Desktop\annovar\ matrix.pl: command not found

所以我必须正确地调用它。

我提供了.pl，输入和输出的完整路径

perl -e 'C:\Users\cmccabe\Desktop\annovar\matrix.pl' < "${id}".txt.hg19_multianno.txt >     "L:\NGS\3_BUSINESS\Matrix\Torrent\matrix_"${id}".txt"

总体目标是使用${id}.txt.hg19_multianno.txt作为输入文件，并在该文件上运行perl脚本之后（添加列和文本，并将新文件保存到路径{{1那条路径是一条静态路径，永远不会改变，可能有更好的方法，但我不够专业知道。谢谢你:)。

这是L:\NGS\3_BUSINESS\Matrix\Torrent\matrix_${id}.txt脚本

perl

Answer 1

-e命令行选项将文字Perl代码作为参数。它不带文件名。例如：

perl -e 'print("Hello, World!\n");';

如果要运行脚本，只需省略-e：

perl myscript.pl;

因此，如果按以下方式运行它，您的命令将起作用：

perl 'C:\Users\cmccabe\Desktop\annovar\matrix.pl' < "${id}".txt.hg19_multianno.txt >     "L:\NGS\3_BUSINESS\Matrix\Torrent\matrix_"${id}".txt"