如何使扫描图像成为ImageJ的适当大小的16位文件

时间:2015-03-27 20:44:50

标签: imagej

所以我的目标是在去除背景后使用集成像素密度量化ImageJ中的点印迹。我的问题是:我需要的图像格式足够小,可以在ImageJ中打开而不会损失质量,也是16位。我需要进行非均匀背景校正,并希望使用此插件来执行此操作,并且需要16位:http://www.cs.unc.edu/~cquammen/imagej/nonuniform_background_removal.html

我以tiff格式扫描图像,但是图像超过170 MB并且由于内存而无法在ImageJ中打开(即使从命令行运行ImageJ以释放更多内存)。我知道由于质量下降,jpeg并不明智。有没有人对我在扫描后应该保存图像的格式有任何想法,以16位格式和适当大小在ImageJ中工作?图像是一张白色纸,有6个部分,每个部分包含一个带有斑点的小膜。每个膜的浓度都不同,所以我必须平均四个点并校正背景。问题是我必须纠正的非均匀背景噪音。

非常感谢,我非常沮丧,需要完成量化!这是我第一次使用ImageJ和量化生物数据,我对图像处理和分析知之甚少。

再次感谢

1 个答案:

答案 0 :(得分:0)

如果可能,请将扫描仪软件设置为使用灰度模式。与彩色模式相比,这将减小文件大小并为您提供更好的动态范围。保存为TIFF是最好的选择。

如果扫描仪不支持以16位灰度保存,则可以在ImageJ中打开它(Image> Type> 16-bit)进行转换。

使用8位图像的替代背景减法方法可在Process>中找到。在Mosaic插件中减去背景或背景减法器。