Question

我是R的新手，并且一直在尝试实施代码设置来分析基因表达和基因突变状态，以预测乳腺癌患者的预后。

原始代码发表于Nature for Acute myeloid Leukemia数据集，可从以下网址下载：http://www.nature.com/ncomms/2015/150109/ncomms6901/full/ncomms6901.html

以下补充数据4代码

我无法复制他们的数据，因为data.frame

中存在代码错误

我可以使用以下代码从cBioportal加载我的所有数据：

mycgds <-  CGDS("http://www.cbioportal.org/public-portal/")
brca_tcga <- getCancerStudies(mycgds)[15,1] ## 15 for BRCA
cases <- getCaseLists(mycgds,brca_tcga)[8,1]  ## 8 for RNA expression z scores
g <-  lapply(split(as.numeric(entrez), seq_along(entrez)%/%500), function(genes) getProfileData(mycgds,genes,getGeneticProfiles(mycgds,brca_tcga)[2,1],cases)) ## loads my sample information into a data.frame "g"

然后我试着恭维以下代码：

g <- do.call("cbind", g)

产生错误 -

> g <- do.call("cbind", g)
Error in data.frame(..., check.names = FALSE) : 
  arguments imply differing number of rows: 173, 0

我试图关注线程，但其中一些是我的头脑，我不确定在构建data.frame时出现了什么问题，或者从哪里开始解决这个问题。任何帮助将不胜感激，或指向我一个很好的文件解释最新情况。

我可以通过调用g：

来打印我的数据

     WDR38 WDR63 WDR86 ZBED9 ZCWPW2 ZNF283 ZNF300P1 ZNF418 ZNF600
TCGA.AB.2803.03    NA    NA    NA    NA     NA     NA       NA     NA     NA
TCGA.AB.2805.03    NA    NA    NA    NA     NA     NA       NA     NA     NA
TCGA.AB.2806.03    NA    NA    NA    NA     NA     NA       NA     NA     NA
TCGA.AB.2807.03    NA    NA    NA    NA     NA     NA       NA     NA     NA
TCGA.AB.2808.03    NA    NA    NA    NA     NA     NA       NA     NA     NA

小例子，但我无法完成下一步的代码。

： - （

感谢大家提供的任何帮助或教育！

来自cBioPortal用于乳腺癌的数据集中使用do.call（cbind，g）的R data.frame错误

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