如何绘制具有显着水平的箱线图？

Question

前段时间我提出了一个关于绘制boxplot Link1的问题。

我有一些包含3个不同组（或标签）Please down load here的数据。我可以使用以下R代码来获取boxplot

library(reshape2)
library(ggplot2)

morphData <- read.table(".\\TestData3.csv", sep=",", header=TRUE);
morphData.reshaped <- melt(morphData, id.var = "Label")

ggplot(data = morphData.reshaped, aes(x=variable, y=value)) + 
  + geom_boxplot(aes(fill=Label))

在这里，我只是想知道如何将重要级别放在箱线图上方。为了使自己清楚，我在这里放了一张剪纸截图：

Answer 1

我知道这是一个老问题，DatamineR的答案已经为这个问题提供了一个解决方案。但我最近创建了一个ggplot扩展，简化了添加显着性条的整个过程：ggsignif

您只需添加单个图层geom_line，而不是繁琐地将annotate和geom_signif添加到您的图表中：

library(ggplot2)
library(ggsignif)

ggplot(iris, aes(x=Species, y=Sepal.Length)) + 
  geom_boxplot() +
  geom_signif(comparisons = list(c("versicolor", "virginica")), 
              map_signif_level=TRUE)

该软件包的完整文档可在CRAN获得。

Answer 2

我不太明白 boxplot具有重要级别的含义，但是这里有一个建议如何生成这些条：我会用条形坐标解决这个构造小数据帧的问题。这是一个例子：

pp <- ggplot(mtcars, aes(factor(cyl), mpg)) + geom_boxplot()
df1 <- data.frame(a = c(1, 1:3,3), b = c(39, 40, 40, 40, 39))
df2 <- data.frame(a = c(1, 1,2, 2), b = c(35, 36, 36, 35))
df3 <- data.frame(a = c(2, 2, 3, 3), b = c(24, 25, 25, 24))

pp + geom_line(data = df1, aes(x = a, y = b)) + annotate("text", x = 2, y = 42, label = "*", size = 8) +
     geom_line(data = df2, aes(x = a, y = b)) + annotate("text", x = 1.5, y = 38, label = "**", size = 8) +
     geom_line(data = df3, aes(x = a, y = b)) + annotate("text", x = 2.5, y = 27, label = "n.s.", size = 8)