我打算在我的网络应用程序中使用Version Control（Mercurial）。我将首先在笔记本电脑上试一试。我现在认为我应该重构我的文件夹，以便将它们全部放在同一个存储库中。
我正在使用PHP框架（Kohana 3），所以我的文件夹结构目前如下。
kohana
+ application
+ modules
+ system
htdocs
+ css
+ images
+ js
index
我不确定这项工作的最佳方法，但我认为如果我能在同一个存储库（css，js和php）中引用我的所有文件会更好。我应该如何构建我的文件来做到这一点？当我在网上查看其他可能的结构时，我看到的这个主干，标签，分支是什么？
感谢。