Question

这是代码再现性方便的问题。您可能会在不同时间（例如，在降价文档的各个部分中）调用各种自定义库，从而结束或接收长代码。假设您的文档构造不良：

library(ggplot2)
# lots of lines of code
# and then more packages invoked, using both commands just spice things up
require(igraph) 
# lots of lines of code
library(pracma)
# lots of lines of code
# etc

是否有可能从代码中检索所有这些实例的函数，并将它们存储为例如列表？

然后，您可以更新脚本以包含注释行，以用作在不同工作区中工作的任何人的参考。

# To run this script first check if all libraries are installed and up to date.
# install.packages([results_of_an earlier_check])

当然可以从脚本中找到所有的库函数，但是自动化这个函数会更好，无论是构建自己的脚本还是更新不好的其他脚本。

Answer 1

这是一种方法，使用我共同撰写的两个软件包（ qdapRegex 来抓取library次调用＆amp; pacman ，以便让其他人更轻松地编写脚本运行）：

首先，我将使用您的示例制作一个假的.Rmd文件，以便它更像您真正拥有的

temp <- paste(readLines(n=8), collapse="\n")
library(ggplot2)
# lots of lines of code
# and then more packages invoked, using both commands just spice things up
require(igraph) 
# lots of lines of code
library(pracma)
# lots of lines of code
# etc

cat(temp, file="delete_me.rmd")

现在我们可以阅读并使用 qdapRegex 来抓取library或require来电。然后我们使用 pacman 使脚本完全可重现：

rmd <- readLines("delete_me.rmd")

library(qdapRegex)
packs <- rm_between(rmd, c("library(", "require("), c(")", ")"), extract=TRUE)

boot <- 'if (!require("pacman")) install.packages("pacman")'
cat(paste0(boot, "\npacman::p_load(", paste(na.omit(unlist(packs)), collapse=", "), ")\n"))

这会产生：

if (!require("pacman")) install.packages("pacman")
pacman::p_load(ggplot2, igraph, pracma)

您可以将其粘贴到代码标记中的脚本顶部，或使用哈希使脚本可重现。如果要确保加载包的最新版本，请使用：p_install_version，以确保安装最小版本。

检索脚本中所需的库/包列表以获得可重现性

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