光泽上的批处理作业不起作用：awk：cmd。 line：1“意外的换行符或字符串结尾”

Question

我最近开始在Lustre系统上运行Python批处理作业。

我最近对shell脚本进行了更改，导致错误：

awk: cmd. line:1: NR==
awk: cmd. line:1:     ^ unexpected newline or end of string

脚本如下：

#$ -cwd


# Define parallel environment for N cores
#$ -pe openmp 4



# Validation level (e = reject on all problems)
#$ -w e

# Merge stdout and stderr streams: yes/no
#$ -j yes

#name of job (human-friendly)
#$ -N experiment

# array job parameters below:
# which job IDs in the array to run, eg 1-5 or 3
#$ -t 1
# how many jobs of the array to run at a time
#$ -tc 15


MYFILE=all_experiment_parameters.txt.$RANDOM
python Get_Parameter_Settings.py > $MYFILE
SEED=$(awk "NR==$SGE_TASK_ID" $MYFILE)
echo $SEED

python RunExperiment.py $SEED

这类似于“从文件的第i行拉取数据”一节中给出的示例中的语法：http://wiki.gridengine.info/wiki/index.php/Simple-Job-Array-Howto。

有人可以提供有关错误消息含义的建议（我不明白为什么它是'换行符或字符串结尾'的警告，当指向我的代码中间时），以及如何解决这个问题？我确信这是一个微不足道的改变，因为它早先工作了。

Answer 1

您收到错误：

awk: cmd. line:1: NR==
awk: cmd. line:1:     ^ unexpected newline or end of string

因为您的环境变量SGE_TASK_ID未在脚本的这一行设置：

SEED=$(awk "NR==$SGE_TASK_ID" $MYFILE)

Answer 2

我已经意识到为什么没有设置SGE_TASK_ID。我正在使用

运行shell脚本

./shell.sh

而不是使用

将其提交到队列中

qsub shell.sh

这是一个初学者的错误。