Question

我有一个如下所示的数据文件：

1   .   0   10109   AA  AA
1   .   0   10123   C   CCCT
1   .   0   10133   A   AAC
1   .   0   10134   A   ACAAC
1   .   0   10140   A   ACCCTAAC
1   .   0   10143   C   CTACT
1   rs144773400 0   10144   T   TA
1   .   0   10146   AC  A
1   .   0   10147   G   C

在＆＃34;。＆＃34;的例子中在第二列中，我想用第1列和第4列的合并输出替换它，如下所示：

1   1:10109 0   10109   AA  AA
1   1:10123 0   10123   C   CCCT
1   1:10133 0   10133   A   AAC
1   1:10134 0   10134   A   ACAAC
1   1:10140 0   10140   A   ACCCTAAC
1   1:10143 0   10143   C   CTACT
1   rs144773400 0   10144   T   TA
1   1:10146 0   10146   AC  A
1   1:10147 0   10147   G   C

我一直试图用if / then语句来做这件事......但我知道我的语法错了，我只是不确定有多错。

if [$2 -eq "." /data/pathtofile]
then 
    awk '{print $1 ":" $4}'
else 
    awk '{print $2}' >> "/data/cleanfile"
fi

我错过了什么？

Answer 1

你可以通过awk本身来做到这一点。

awk -v FS="\t" -v OFS="\t" '$2=="."{$2=$1":"$4}{$1=$1}1' file

或

$ awk '$2=="."{$2=$1":"$4}{$1=$1}1' file 1 1:10109 0 10109 AA AA 1 1:10123 0 10123 C CCCT 1 1:10133 0 10133 A AAC 1 1:10134 0 10134 A ACAAC 1 1:10140 0 10140 A ACCCTAAC 1 1:10143 0 10143 C CTACT 1 rs144773400 0 10144 T TA 1 1:10146 0 10146 AC A 1 1:10147 0 10147 G C

在if语句中使用awk

1 个答案: