循环使用多个输入的shell脚本文件夹中的文件

Question

为命令行工具指定多个输入？

我是bash的新手，我想在包含大量文件的文件夹上循环命令行程序。

该脚本需要两个输入文件（在我的情况下，这些文件名的一个字段不同（“ R1 ”vs“... R2 “）。运行该工具的单个实例如下所示：

tool_name infile1 infile2 -o outfile_suffix

实际例子：

casper sample_name_R1_001.out.fastq sample_name_R2_001.out.fastq -o sample_name_merged

文件名格式：

  

DCP-137-的 5102 -T1A3_S33_L001_R1_001.fastq
  DCP-137-的 5102 -T1A3_S33_L001_R2_001.fastq

粗体字段在不同对之间有所不同（例如，2000,2110,5100等...），每对由R1或R2区分。

我想知道如何在包含多对匹配文件的文件夹上循环脚本，并确保输出（-o）获取'sample_name'后缀。

我熟悉基本for file in ./*.*; do ... $file...; done但显然不适用于此示例。任何建议将不胜感激！

Answer 1

您希望循环遍历R1并从中派生R2和合并文件名，例如：

for file1 in ./*R1*; do
    file2=${file1/R1/R2}
    merge=${file1#*R1}_merged
    casper ${file1} ${file2} -o ${merge}
done

注意：Markdown会将#*R1}_merged显示为评论 - 它不是