使用Python Swig尝试连接cholmod库的NameError

时间:2015-03-17 03:19:29

标签: python c struct swig suitesparse

我正在尝试为C Cholmod 库创建一个Python接口,部分 SuiteSparse 库(SuiteSparse)。

由于我是Swig的新手,我不知道这是否是一项艰巨的任务。一世 没有在Swig中找到任何对此接口的引用。

编译顺利进行。

这是我尝试导入时遇到的错误 swig生成的“_cholmod.py”文件:

Python 2.7.5+ (default, Feb 27 2014, 19:37:08)
[GCC 4.8.1] on linux2
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import _cholmod
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "_cholmod.py", line 99, in <module>
    class SuiteSparse_config_struct(_object):
  File "_cholmod.py", line 106, in SuiteSparse_config_struct
    __swig_setmethods__["malloc_func"] =
__cholmod.SuiteSparse_config_struct_malloc_func_set
NameError: name '_SuiteSparse_config_struct__cholmod' is not defined

这个名字定义在哪里?快速grep不会返回任何内容 之前我尝试导入扩展名,但之后我试图导入 导入它:

grep -R -n  _SuiteSparse_config_struct__cholmod *

Binary file _cholmod.pyc matches

我正在使用:

  • SWIG版本3.0.5 用g ++编译[x86_64-unknown-linux-gnu] 配置选项:+ pcre
  • 来自SuiteSparse 4.4.3的
  • cholmod库

这是一个最小的例子:

文件setup.py:

from distutils.core import setup, Extension

module1 = Extension('__cholmod',
    sources=['cholmod.i'],
    libraries=['cholmod', 'suitesparseconfig', 'blas', 'amd'],
    library_dirs=['/home/nikolaj/Documents/WORK/Dominique/suitesparse
4.4.1-1_ArchLinux/suitesparse-4.4.1-1-x86_64.pkg/usr/lib/'],
    include_dirs=['/home/nikolaj/Documents/WORK/Dominique/suitesparse
4.4.1-1_ArchLinux/suitesparse-4.4.1-1-x86_64.pkg/usr/include/'],
    swig_opts=['-I/home/nikolaj/Documents/WORK/Dominique/suitesparse
4.4.1-1_ArchLinux/suitesparse-4.4.1-1-x86_64.pkg/usr/include/'])

setup(name='_cholmod', version='0.1', ext_modules=[module1])

我这样调用它:

python setup.py build_ext --inplace

文件cholmod.i:

/* -*- C -*- */
#ifdef SWIGPYTHON

%module _cholmod

%{
#define SWIG_FILE_WITH_INIT
#include "SuiteSparse_config.h"

#include "cholmod_config.h"
#include "cholmod_core.h"
#include "numpy/arrayobject.h"
%}

%feature("autodoc", "1");

%init %{
    import_array();
%}

%include "SuiteSparse_config.h
%include "cholmod_config.h"
%include "cholmod_core.h"

#endif

我怀疑typedef和C结构有问题,但之后 一遍又一遍地阅读教程,官方文档, 演讲我真的不知道我错过了什么。

有人可以帮我吗?非常感谢!

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