Question

我试图在调用R rmarkdown渲染函数时禁止打印到pdfcrop生成的stdout和stderr，但不知道该怎么做。

我已经使用quiet选项来禁止打印pandoc命令行，但它不会禁止打印pdfcrop。

有人有一些提示要解决它吗？

这是我运行的脚本：

Rscript RNASeq_QC_run.R -v 1 --count ~/devel/R/projects/rnaseq_qc/data/DataTest_Count_expression_generic2.txt  --format generic --design ~/devel/R/projects/rnaseq_qc/data/DataTest_Design.txt --outdir test/out5 &>test/out5.log

这是对render函数的调用：

generic_report_path <- system.file("report", "QC_RNASeq_Count_generic.Rmd", package="qc4rnaseq")
generic_report_file <- paste(unlist(strsplit(basename(generic_report_path),".Rmd")), ".pdf", sep="")
render(input=generic_report_path, output_format="pdf_document", output_file=generic_report_file, output_dir=outdir_abs_path, intermediates_dir=outdir_abs_path, quiet=TRUE)

以下是test / out5.log的内容：stdout（常规）和stderr（粗体：**之间）输出

**cropping /private/tmp/qc4rnaseq_run/test/out5/QC_RNASeq_Count_generic_files/figure-latex/unnamed-chunk-2-1.pdf**
PDFCROP 1.38, 2012/11/02 - Copyright (c) 2002-2012 by Heiko Oberdiek.
==> 1 page written on `/private/tmp/qc4rnaseq_run/test/out5/QC_RNASeq_Count_generic_files/figure-latex/unnamed-chunk-2-1.pdf'.
**cropping /private/tmp/qc4rnaseq_run/test/out5/QC_RNASeq_Count_generic_files/figure-latex/unnamed-chunk-3-1.pdf**
PDFCROP 1.38, 2012/11/02 - Copyright (c) 2002-2012 by Heiko Oberdiek.
==> 1 page written on `/private/tmp/qc4rnaseq_run/test/out5/QC_RNASeq_Count_generic_files/figure-latex/unnamed-chunk-3-1.pdf'.
**cropping /private/tmp/qc4rnaseq_run/test/out5/QC_RNASeq_Count_generic_files/figure-latex/unnamed-chunk-4-1.pdf**
PDFCROP 1.38, 2012/11/02 - Copyright (c) 2002-2012 by Heiko Oberdiek.
==> 1 page written on `/private/tmp/qc4rnaseq_run/test/out5/QC_RNASeq_Count_generic_files/figure-latex/unnamed-chunk-4-1.pdf'.
Execution time :  7.120109 seconds

Answer 1

我找到了一种使用suppressMessages函数来抑制消息的解决方案，即使它不会抑制所有消息，只会抑制发送到stderr的消息。

以下是我的修改：

suppressMessages(render(input=generic_report_path, output_format="pdf_document", output_file=generic_report_f
ile, output_dir=outdir_abs_path, intermediates_dir=outdir_abs_path, quiet=TRUE))

现在发送到stderr的所有消息都被抑制，但不会被发送到我脚本的stdout。

仍然是那些与pdfcrop相关的印刷：

PDFCROP 1.38, 2012/11/02 - Copyright (c) 2002-2012 by Heiko Oberdiek.
==> 1 page written on `/private/tmp/qc4rnaseq_run/test/out7/QC_RNASeq_Count_generic_files/figure-latex/unnamed-chunk-2-1.pdf'.
PDFCROP 1.38, 2012/11/02 - Copyright (c) 2002-2012 by Heiko Oberdiek.
==> 1 page written on `/private/tmp/qc4rnaseq_run/test/out7/QC_RNASeq_Count_generic_files/figure-latex/unnamed-chunk-3-1.pdf'.
PDFCROP 1.38, 2012/11/02 - Copyright (c) 2002-2012 by Heiko Oberdiek.
==> 1 page written on `/private/tmp/qc4rnaseq_run/test/out7/QC_RNASeq_Count_generic_files/figure-latex/unnamed-chunk-4-1.pdf'.

Answer 2

在render()中封装suppressMessages()只会抑制message("cropping ", x)函数引发的plot_crop()。要隐藏pdfcrop本身的输出，还需要在内部系统调用中设置ignore.stdout = TRUE。我刚刚在GitHub上提交了此功能请求作为knitr issue #1031。

Answer 3

对我有用的（不是最漂亮的解决方案）是将函数分配给变量。它将不会打印任何内容：

q = knitr::plot_crop(pdf_file,quiet = TRUE)

如何在使用R rmarkdown渲染功能时抑制pdfcrop打印？

3 个答案: