Question

我正在尝试安装fatiando，一个用于Python的地球物理建模包。我有一台Mac OS X v10.9.5。我按照package site建议的建议安装获得了Fatiando（通过Anaconda）的所有依赖项。我安装了Xcode。

我收到警告列表和最终错误消息：

    fatiando/gravmag/_polyprism.c:349:10: fatal error: 'omp.h' file not found

    #include "omp.h"

             ^

    1 warning and 1 error generated.

    error: command 'gcc' failed with exit status 1

    ----------------------------------------
    Command "//anaconda/bin/python -c "import setuptools, tokenize;__file__='/var/folders/32/mwq0jhwd3dx7vjqmm8hkljp80000gn/T/pip-QFjo6d-build/setup.py';exec(compile(getattr(tokenize, 'open', open)(__file__).read().replace('\r\n', '\n'), __file__, 'exec'))" install --record /var/folders/32/mwq0jhwd3dx7vjqmm8hkljp80000gn/T/pip-CY4vyX-record/install-record.txt --single-version-externally-managed --compile" failed with error code 1 in /var/folders/32/mwq0jhwd3dx7vjqmm8hkljp80000gn/T/pip-QFjo6d-build
Macintosh-5:fatiando matteoniccoli$

可以找到完整的终端输出（1100多行）here。

我已经联系了开发人员，这似乎不是Fatiando问题。

有什么建议吗？

3月15日更新

当我第一次发布这个时，我没有Xcode，然后我从Apple商店下载了最新的Xcode。再次尝试，得到了同样的信息。然后我阅读this并从here下载了gcc，并直接安装。当我在终端上输入gcc --version时，我得到了这个：i686-apple-darwin11-llvm-gcc-4.2 (GCC) 4.2.1 (Based on Apple Inc. build 5658) (LLVM build 2335.15.00) 在那之后，我仍然得到类似的消息。继另一个stackoverflow主管之后，我尝试从here安装setuptools 使用curl https://bootstrap.pypa.io/ez_setup.py -o - |蟒蛇当我尝试安装fatiando时，我得到了一个不同的错误（在长输出的最后）：

fatiando/gravmag/_polyprism.c:349:10: fatal error: 'omp.h' file not found

    #include "omp.h"

             ^  

    1 warning and 1 error generated.  

    error: command '/usr/bin/clang' failed with exit status 1

    ----------------------------------------

    Command "//anaconda/bin/python -c "import setuptools, tokenize;__file__='/private/var/folders/32/mwq0jhwd3dx7vjqmm8hkljp80000gn/T/pip-build-m1ieVO/fatiando/setup.py';exec(compile(getattr(tokenize, 'open', open)(__file__).read().replace('\r\n', '\n'), __file__, 'exec'))" install --record /var/folders/32/mwq0jhwd3dx7vjqmm8hkljp80000gn/T/pip-9wI6Z7-record/install-record.txt --single-version-externally-managed --compile" failed with error code 1 in /private/var/folders/32/mwq0jhwd3dx7vjqmm8hkljp80000gn/T/pip-build-m1ieVO/fatiando

论坛上有人通过电子邮件问我： Re Fatiando，你安装了Xcode命令行工具吗？例如看到这个 http://railsapps.github.io/xcode-command-line-tools.html

但是当我尝试验证已经按照建议成功安装Xcode命令行工具时，我得到了这个，所以我认为这不是问题：

-bash: /Library/Developer/CommandLineTools: is a directory

3月16日更新 Leo Uieda建议尝试解决方案。

pip install --upgrade https://github.com/fatiando/fatiando/archive/kill-omp.zip没问题，但是

pip install --upgrade https://github.com/fatiando/fatiando/archive/master.zip让我回到方阵1：

...
...    
fatiando/gravmag/_polyprism.c:349:10: fatal error: 'omp.h' file not found

        #include "omp.h"

                 ^

        1 warning and 1 error generated.

        error: command '/usr/bin/clang' failed with exit status 1

        ----------------------------------------
        Rolling back uninstall of fatiando

Answer 1

这是Fatiando安装中非常常见的问题，特别是在Windows和Mac上。在PR 106中为fatiando.gravmag正向建模模块引入了OpenMP。它很容易实现（只需用range(ndata)替换prange(ndata)），并且比顺序执行产生1.5-2倍的加速。此外，并行执行是自动的。所以当时似乎是一个很好的权衡（“只需安装一个额外的依赖？什么可能出错？”）。

当Anaconda gcc和默认Mac gcc未附带OpenMP时，问题就开始了。因此，Windows用户必须安装额外的依赖项（按照特定的顺序，如撒旦的仪式），Mac用户必须自己照顾。

正在从Fatiando（#169）中删除OpenMP和已编译的Cython模块，而不是multiprocessing和numba。这将使它成为纯Python包（无需编译），并且应解决大多数安装问题。

同时，PR 177从Cython模块中删除了OpenMP要求。这应该可以解决您当前的安装问题。要立即获得更改，您可以通过运行：

从kill-omp分支安装该版本

pip install --upgrade https://github.com/fatiando/fatiando/archive/kill-omp.zip

如果上述命令不起作用，则表示pull请求已合并到项目的主分支（master）中。如果是这种情况，您可以从master分支安装最新版本：

pip install --upgrade https://github.com/fatiando/fatiando/archive/master.zip

这些更改将包含在将来的v0.4版本中。希望这可以解决您的问题。

Answer 2

（知道你正在使用哪个版本的gcc会很有用。）

gcc在v4.9之前未附带OpenMP。

请参阅this answer可以帮助您使用xcode更新gcc。

错误：命令'gcc'失败，退出状态1安装Fatiando（Python包）

2 个答案: