Question

我有一个非常基本的问题，但我对python的了解非常有限。我有一个python脚本，它需要几个参数才能运行（https://github.com/raphael-group/hotnet2/blob/master/bin/createPPRMat.py）。

我想使用带有一些文件名的文件（每行一个）作为第一个传递给python脚本的参数。

我的第一次尝试是创建一个bash脚本（mat.sh），如下所示：

#!/bin/bash
for net in $(cat /home/hotnet2-1.0.0/iref/iref.list);
do
export
python createPPRMat.py -e `$net` -i /home/jfertaj/hotnet2-1.0.0/iref/iref_index_genes -o /home/jfertaj/Broad_Stay/hotnet2-1.0.0/iref_influence_matrices
done

但是我收到错误，python脚本似乎没有解析$net变量：

createPPRMat_1.py: error: argument -e/--edgelist_file: expected one argument
mat.sh: line 6: /home/jfertaj/Broad_Stay/hotnet2-1.0.0/iref/iref_edgelist_139: No such file or directory

当我在bash脚本（net）中双引号变量"$net"时，我得到的错误是不同的，指出文件名出错了

Traceback (most recent call last):
File "/home/jfertaj/Broad_Stay/hotnet2-1.0.0/bin/createPPRMat_1.py", line 96, in <module>
run(get_parser().parse_args(sys.argv[1:]))
File "/home/hotnet2-1.0.0/bin/createPPRMat_1.py", line 38, in run
edges = [map(int, l.rstrip().split()[:2]) for l in open(args.edgelist_file)]
IOError: [Errno 2] No such file or directory: '\x1b[01;00m/home/hotnet2-1.0.0/iref/iref_edgelist_164\x1b[0m'

iref.list的内容如下所示：

/home/hotnet2-1.0.0/iref/iref_edgelist_1
/home/hotnet2-1.0.0/iref/iref_edgelist_10
/home/hotnet2-1.0.0/iref/iref_edgelist_100

iref.list文件是使用cat -1 ... < iref.list

创建的

非常感谢任何帮助

由于

Answer 1

python traceback会显示问题（正如您所注意到的那样）。

Traceback (most recent call last):
File "/home/jfertaj/Broad_Stay/hotnet2-1.0.0/bin/createPPRMat_1.py", line 96, in <module>
run(get_parser().parse_args(sys.argv[1:]))
File "/home/hotnet2-1.0.0/bin/createPPRMat_1.py", line 38, in run
edges = [map(int, l.rstrip().split()[:2]) for l in open(args.edgelist_file)]
IOError: [Errno 2] No such file or directory: '\x1b[01;00m/home/hotnet2-1.0.0/iref/iref_edgelist_164\x1b[0m'

该文件不是文本文件。它是一个二进制文件。它包含文件名和shell颜色代码。您需要删除（或过滤掉）这些颜色代码，然后才能逐字使用文件名（或者获取文件的干净副本，并修复任何进程向文件吐出颜色代码以停止执行此操作）。

使用反引号时得到的不同错误（缺少参数）是因为反引号将其内容作为命令运行。所以`$net`获取$net变量的值并尝试将其作为shell命令运行，然后用该命令的输出替换整个反引号引用的字符串。

这就是为什么你得到＆＃34;没有这样的文件或目录＆＃34;那里的错误（因为带有代码的文件名无效），以及随后-e标志没有参数的原因（反引号字符串被评估为空字符串，所以你最终得到{{ 1}}并且-e -i没有参数。）

使用bash脚本将参数传递给python脚本

1 个答案: