awk命令消除具有特定空字段的行

Question

我的任务是在这些行的第99列（最后一列）为空时消除行。我试过下面的命令：

awk '$99 !~ /\s+/' BRCA-TP.maf.annotated > test

它消除了一些带有空格的行，但我发现有些行仍然在第99列的位置有空格。

我正在处理的数据是： http://gdac.broadinstitute.org/runs/analyses__2014_10_17/reports/cancer/BRCA-TP/Mutation_Assessor/BRCA-TP.maf.annotated

上述数据的表示：

---- col95   col96   col97   col98   col99   
row1 aaaa    aaaa    aaaa    aaaa  
row2 bbbb    bbbb    bbbb    bbbb  
row3 cccc    cccc    cccc    cccc

我想用空的第94列消除所有行。但是怎么样？提前谢谢。

Answer 1

如下所示的简单方法可用于检查您所描述的内容。

awk -F'\t' '$94==""||$94==" "||$93=="neutral" {next;} {print;}' inputfile > outputfile

但是，当我把你提供的文件作为一个例子时，它是制表符分隔的并且有99列，而不是94列。此外，该文件有CRLF行结尾，所以awk看起来像是值最后一列是回车。使用具有上述awk的以下修改的样本似乎可以做你想要的。

awk -F'\t' 'BEGIN {RS="\r\n"} $99==""||$99==" "||$98=="neutral" {next;} {print;}' inputfile > outputfile

在潜入使用之前，你会想要在awk上做一些阅读。问题中的示例脚本缺少-F'\t'参数告诉awk文件是制表符分隔的，您需要删除CR个字符或告诉awk RS是CRLF，然后你可以将条件块前面的逻辑测试链接到一个以上的检查。

另外，请注意评论者关于形成更好问题的建议，我必须自己弄清楚你自己的文件很多东西，大多数SO用户都不会为你做这些。