免责声明：我没有编程经验。
我有数百个文件需要被名为fastq-mcf的程序修改。我希望创建一个bash脚本，为我做这个，一次一个文件。换句话说，程序会修改我的文件，完成，然后继续下一步。我已成功使用其他程序，如wget和cat，所以我认为这将是直截了当的。但不幸的是，当我尝试我的脚本时，所有文件都会立即开始编辑，这对我的计算机来说当然太过分了。
这是我的脚本示例，只有两个要处理的文件：
#!/bin/bash
/Applications/fastq-mcf -o MAP346_1.mcf.fasta -o MAP346_2.mcf.fasta -q 20 -D 50 -S -w 4 -x 10 -u /Users/pdm37/Documents/MAP/sequencing_results/fastqmcf_trim/NexteraPE-PE.fasta /Users/pdm37/Documents/MAP/sequencing_results/raw_data/4898_2708_17422_HBGAEADXX_MAP346_TAGGCATG-ACTGCATA_R1.fastq.gz /Users/pdm37/Documents/MAP/sequencing_results/raw_data/4898_2708_17422_HBGAEADXX_MAP346_TAGGCATG-ACTGCATA_R2.fastq.gz &>rMAP346.log &
/Applications/fastq-mcf -o MAP345_1.mcf.fasta -o MAP345_2.mcf.fasta -q 20 -D 50 -S -w 4 -x 10 -u /Users/pdm37/Documents/MAP/sequencing_results/fastqmcf_trim/NexteraPE-PE.fasta /Users/pdm37/Documents/MAP/sequencing_results/raw_data/4898_2708_17421_HBGAEADXX_MAP345_TAGGCATG-GTAAGGAG_R1.fastq.gz /Users/pdm37/Documents/MAP/sequencing_results/raw_data/4898_2708_17421_HBGAEADXX_MAP345_TAGGCATG-GTAAGGAG_R2.fastq.gz &>rMAP345.log &
简化它
#!/bin/bash
/path/fastq-mcf output_file1 output_file2 -options necessary_info_file input_file1 input_file2 &>r12.log &
/path/fastq-mcf output_file3 output_file4 -options necessary_info_file input_file3 input_file4 &>r34.log &
我尝试添加分号而不是两行之间的返回，但这没有帮助，它只是说出现了意外的字符。
我真的希望你能帮助我。也许有一个简单的解决方案，或者我需要以非常不同的方式解决这个问题？理想情况下，我会使用您的解决方案，然后使用其他程序进一步处理这些文件，这将有助于了解我做错了什么。谢谢。
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如果您需要确保命令1在继续执行命令2之前成功完成，您可以使用＆amp;＆amp;
command 1 && command 2
。还有wait命令，但我对此并不了解。