设计算法上传大文本文件并比较到mySql的行

Question

我需要一些帮助来设计有效的算法（我不需要你给我写任何代码！）。

我建立了一些PHP网站。

用户将上传到我的网站一个大文件（200mb +）。这个文件就像一张大桌子。

我需要将每一行与mySql进行比较。

如果mySql表的行之间有不匹配，我需要从输入文件中删除这一行。

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例如：

输入文件：

chr     pos     info              // columns
b       12      aaaaaaaaaaaaaaaaa
b       13      cccccc
c       100     fffffffffff

mySql表：

chr     pos              // columns
a       10
a       12
b       12
c       100
c       18

如果输入文件中的一行chr 和 pos，mySql中的行中不存在 - 它将删除此行来自输入文件。

所以新的输入文件将是：

chr     pos     info              // columns
b       12      aaaaaaaaaaaaaaaaa
c       100     fffffffffff

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对于有效的运行时间，你会有任何有效的方法吗？

我不需要你给我写代码，我只需要理解算法。

我尝试做的算法：

1. 将文件上传到服务器，然后将文件上传到带有LOAD DATA LOCAL INFILE的临时mySql表，然后使用常规的SQL查询来比较行。
2. 将文件上传到服务器，然后将文件转换为巨大的2D数组，然后将数组中的每一行与mySql进行比较。
3. 将文件上传到服务器，在上传时，比较上传到mySql的每一行。

我对第一算法的处罚比 seconed 更好。我还没有尝试过第三次。