Question

我有一个非常简单的linux bash脚本：

blastn -db database -evalue 1e-5 -query 001.fasta -out 001.blast.txt -best_hit_overhang 0.1 -best_hit_score_edge 0.1 -outfmt 6 -max_target_seqs 1 &
blastn -db database -evalue 1e-5 -query 002.fasta -out 002.blast.txt -best_hit_overhang 0.1 -best_hit_score_edge 0.1 -outfmt 6 -max_target_seqs 1

我需要360（001 ... 360）次这样做。是否可以使用＆＃34; 001＆＃34;自动生成这些线。在每一个新行都上升+1？它与excel中的自动填充基本相同（可以对列进行文本处理，编写新行，然后再连接）。只有-query和-out中的两个数字才会改变。

Answer 1

您可以使用bash for循环来实现此目的 - http://www.cyberciti.biz/faq/bash-for-loop/

这将是该链接的相关示例

#!/bin/bash
for i in {1..5}
do
   echo "Welcome $i times"
done

因此，对于您的示例，它看起来像这样

#!/bin/bash
for i in {1..360}
do
  blastn -db database -evalue 1e-5 -query $i.fasta -out $i.blast.txt -best_hit_overhang 0.1 -best_hit_score_edge 0.1 -outfmt 6 -max_target_seqs 1
done

在文本文件中计数/自动填充

1 个答案: