Question

我的故事

我开始在mpiJava编写一个mpi程序并设法编写一个工作程序，但由于其中一个或另一个原因它不想在平台上运行我需要它运行（I没有任何权限安装任何东西）。我不确定是否有必要（考虑到我现在遇到同样的问题），但我开始使用open-mpi和它的java绑定。关键是在平台上，open-mpi可用，因此我认为它会自动运行。它没有工作，我仍然试图找出原因（它可能与信用系统有关），但这不是我希望在这里解决的问题

我的问题

真正的问题是我需要通过MPI发送java对象，我不知道如何以正确的方式执行它。在mpiJava我有优势，有一个MPI.Object数据类型可用（它只是序列化对象），但open-mpi没有这样的东西。我已经访问了post on BigInteger和post actually providing some answers，当然还有the open-mpi reference，但我现在还不完全确定在我的案例中哪种方法最好。

我想通过MPI发送3个不同的对象：

经典BigInteger
一个经典的Object[]，里面有3个不同的对象
一个不太经典的自编类，包含对另一个自编类的引用

自编类看起来像这样：

public class AC implements Iterable<BS>, Comparable<AC>, LE, Serializable {

    private static final long serialVersionUID = -530910801257060853L;
    private static AC emptyAC = new AC();
    private static AC emptySetAC = new AC();
    static {emptySetAC.theAC.set(0);}

    private BitSet theAC = new BitSet();
    private BS universe = BS.universe();
    ...
    //methods
}

public class BS implements Iterable<Integer>, Comparable<BS>, Serializable {

    private static final long serialVersionUID = 4240724082500295998L;
    private static BS theEmptySet = new BS();
    private static long[] bits;

    private long theSet;
    ...
    //methods
}

到目前为止发送的open-mpi代码（省略了我的列表中的＆＃39; BigInteger）看起来像：

public static void main(String[] args) {

    ...

    //master code

    SortedMap<AC, Long> functions = new TreeMap<>();
    AC u = AC.oneSetAC(BS.universe(n));
    SortedMap<AC, BigInteger> leftIntervalSize = new TreeMap<>();
    MPI.COMM_WORLD.bcast(new Object[]{functions, leftIntervalSize, u}, 3, MPI.Object, 0);

    ...

    AC[] sendbuf = new AC[1];
    while(iterator.hasnext()) {
        MPI.COMM_WORLD.send(sendbuf, 1, MPI.OBJECT, i, 0);
    }

    ...

    //worker code
    Object[] buf = new Object[3];
    MPI.COMM_WORLD.bcast(buf, 3, MPI.OBJECT, 0);

    ...

    AC[] func = new AC[1];
    Status stat = MPI.COMM_WORLD.recv(func, 1, MPI.OBJECT, 0, MPI.ANY_TAG);

    ...
}

请注意，MPI.Object只是我的mpiJava实现的继承，这些是我需要正确更改的行。

提议的解决方案

我已经对它有了一些想法，我认为如果有人能给我一个如何正确使用MPI结构的例子，我可以使用the post actually providing some answers给BigInteger的答案。（我真的不完全从the open-mpi reference了解它。对于我自己的课程和另一方面Object[]，我可以做以下任何一种情况：

只是序列化血腥物体。
使用MPI结构（在我使用它之后）。
对所需的字节数进行赌博并将其作为字节发送。（如果这样做会让我感到惊讶）。
使用我即将听到的其他一些功能。

我的问题

有人能举例说明如何在java中使用MPI结构吗？（也许适用于我的一个例子？）
任何人都可以告诉我在任何情况下的优选策略（在序列化的情况下，指出陷阱）？

我很抱歉这篇长篇文章，但我希望从第一次开始就明白。

提前致谢

Answer 1

如果您控制通信的两个方面，并且两者都在Java 和中，您不太关心性能，那么您可以执行以下操作：

MyClass someObject = ...
serialized = ""
try {
    ByteArrayOutputStream baos = new ByteArrayOutputStream();
    ObjectOutputStream oos = new ObjectOutputStream(baos);
    oos.writeObject(someObject);
    oos.flush();
    serialized = baos.toString();
} 
catch (Exception e) {
    System.out.println(e);    
}
char [] message = serialized.toCharArray() ;
MPI.COMM_WORLD.Send(message, 0, message.length, MPI.CHAR, 1, 99) ;

另一方面，您只是接收并基本上反向执行相同的步骤以反序列化。

try {
    byte b[] = serializedObject.getBytes(); 
    ByteArrayInputStream bis = new ByteArrayInputStream(b);
    ObjectInputStream ois = new ObjectInputStream(bis);
    MyClass obj = (MyClass) ois.readObject();
} catch (Exception e) {
    System.out.println(e);
}

这种方法的优点是简单，让你快速前进。如果您不打算发送很多物品，我认为这是完全可以接受的。

Answer 2

最后，我决定使用sdotdi的答案序列化Object[]。因为广播只发生过一次，所以这不应该太糟糕对于BigInteger，我使用toByteArray()方法并首先发送数组的长度，然后发送字节数组本身。我怀疑它几乎与使用MPI结构一样快，但我不太确定。因此代码如下：

byte[] bigintbuf = result.toByteArray();
MPI.COMM_WORLD.send(new int[]{bigintbuf.length}, 1, MPI.INT, 0, NUMTAG);
MPI.COMM_WORLD.send(bigintbuf, bigintbuf.length, MPI.BYTE, 0, 0);

对于AC类，我通过实现toLongArray()方法应用了类似的技巧，因此代码变为：

long[] acbuf = next.toLongArray();
MPI.COMM_WORLD.send(new int[]{acbuf.length}, 1, MPI.INT, i, NUMTAG);
MPI.COMM_WORLD.send(acbuf, acbuf.length, MPI.LONG, i, 0);

这可能仍然不是最佳方式，但我认为它会达到最佳性能。

通过MPI发送java对象

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