周期和复杂的周期。如何在图表中找到它们?

时间:2015-03-04 18:11:55

标签: graph chemistry

我实际上是一种cif格式的分子。我不认为这种格式非常重要,而是为那些感兴趣的人提供。这个文件里面有很多数据。最重要的是(因为这部分文件实际上将分子描述为图形)是这一部分:

017 N1  C2   SING N N 1  
017 N1  H11  SING N N 2  
017 N1  H12  SING N N 3  
017 C2  C3   DOUB Y N 4  
017 C2  C7   SING Y N 5  
017 C3  C4   SING Y N 6

这不是整个文件,只是一个例子。该分子可含有许多环状结构。芳香的我可以通过6列中的Y标志来定义。但也有其他周期,可以是安静的不同:example1或类似于example2或类似:example3。甚至是这样的:example4

我需要的是以这样的方式提取所有周期,如果两个周期共享键,就像在第一个例子中那样,它们被认为是一个周期。 Tarjan的算法在这里不起作用,因为它只运行一次每个节点。那我该怎么办呢? 请提供尽可能详细的信息。我对OpenBabel等库并不是很感兴趣,因为我要在Swift中编写这个东西并使用cif文件中的图形描述。

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