R:生存函数中的分组错误

时间:2015-03-04 16:02:54

标签: r error-handling survival-analysis

为了这个问题,我构建了以下数据框:

head(exprs, 21)

   sample expr              ID X_OS
1     BIX high TCGA_DM_A28E_01   26
2     BIX high TCGA_AY_6197_01   88
3     BIX high TCGA_HB_KH8H_01  553
4     BIX  low TCGA_K4_6303_01  256
5     BIX  low TCGA_F4_6703_01  491
6     BIX  low TCGA_Y7_PIK2_01  177
7     BIX  low TCGA_A6_5657_01  732
8     HEF high TCGA_DM_A28E_01   26
9     HEF high TCGA_AY_6197_01   88
10    HEF high TCGA_F4_6703_01  491
11    HEF high TCGA_HB_KH8H_01  553
12    HEF  low TCGA_K4_6303_01  256
13    HEF  low TCGA_Y7_PIK2_01  177
14    HEF  low TCGA_A6_5657_01  732
15    TUR high TCGA_DM_A28E_01   26
16    TUR high TCGA_F4_6703_01  491
17    TUR high TCGA_Y7_PIK2_01  177
18    TUR  low TCGA_K4_6303_01  256
19    TUR  low TCGA_AY_6197_01   88
20    TUR  low TCGA_HB_KH8H_01  553
21    TUR  low TCGA_A6_5657_01  732

我希望运行一个对数排名测试,比较每个expr的高sample组的生存曲线:

expfun = function(x) {
  survdiff( Surv( X_OS, rep(1,nrow(x)) ) ~ expr, data=x)
}
dfx <- lapply(split(exprs[c("expr", "X_OS")], exprs$sample), expfun)

因此,它需要一个sample,比较列expr中的两个X_OS组生存曲线,并存储日志排名测试结果。问题是我遇到了以下错误(当使用实际数据时,而不是上面的示例数据。但格式完全相同):

Error in survdiff.fit(y, groups, strata.keep, rho) : 
  There is only 1 group
Called from: survdiff.fit(y, groups, strata.keep, rho)

有没有人知道如何解决这种情况?

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