Question

我的文件结构的简化示例是：

/Assemblies/A_velvet/contigs.fasta
/Assemblies/A_velvet/info.log
/Assemblies/BB_velvet/contigs.fasta
/Assemblies/BB_velvet/info.log

我正在尝试编写一个可以传递Assemblies目录的脚本 - 然后它将：

遍历每个子目录（A_velvet，BB_velvet） - 取应变名称（A，BB）将其作为前缀添加到所有文件中（即A_contigs.fasta，A_file.log）。
将相同的前缀添加到contigs.fasta文件中的fasta标头中。也许用sed命令代替（＆＃39; s /＆gt; NODE /＆gt; $ {name} / g＆＃39;）？

我发现了很多非常密切相关的问题，但似乎无法使它们发挥作用。很感谢任何形式的帮助！到目前为止，这是我的代码：

#!/bin/bash
#Run with: ./test.sh <assembly_directory>
#dir= directory with all assemblies inside it
dir=$1
for subdir in $dir 
do
    if [ -d "${subdir}" ]; then
    name=`basename $subdir|cut -d '_' -f 1`;
    echo "${subdir} name ${name}"
         for * in $subdir;
        `do mv "$file" "$subdir/${name}_$(basename "$file")"; done
    fi
done

Answer 1

循环浏览目录内容的方法无法正常工作。在第一种情况下，循环中唯一的项是$ dir。我不确定你在第二种情况下要做的是什么。尝试这样的事情：

dir=$1 
for subdir in `ls $dir` 
do
    if [ -d "${subdir}" ]; then
        name=`basename $subdir|cut -d '_' -f 1`;
        echo "${subdir} name ${name}"
        for file in `ls $subdir`;
        do mv "$file" "$subdir/${name}_$(basename "$file")"; done
    fi
done

bash - 在子目录中重命名fasta标头和文件名 - 追加前缀

1 个答案: