我有这个序列"ggtacctcctacgggaggcagcagtgaggaattttccgcaatgggcgaaagcctgacgga"
,我想把它分成3个长度单位,比如ggt acc tcc ..etc?
答案 0 :(得分:0)
尝试类似:
String str[] = s.split("(?<=\\G...)");
Output
[ggt, acc, tcc, tac, ggg, agg, cag, cag, tga, gga, att, ttc, cgc, aat, ggg, cga, aag, cct, gac, gga]
答案 1 :(得分:0)
不要使用Stringtokenizer。分裂的正则表达式效率非常低 - DNA / RNA-Strings非常长。
在Java 8中,可以做以下解决方案:
public static void main(String[] args) {
String str = "ggtacctcctacgggaggcagcagtgaggaattttccgcaatgggcgaaagcctgacgga";
List<String> collect = str.chars()
.mapToObj(accumulator(3))
.filter(s -> s != null)
.collect(Collectors.toList());
System.out.println(collect);
}
private static IntFunction<String> accumulator(final int size) {
return new CharAccumulator(size);
}
private static final class CharAccumulator implements IntFunction<String> {
private StringBuilder builder ;
private int size;
private CharAccumulator(int size) {
this.builder = new StringBuilder();
this.size = size;
}
@Override
public String apply(int value) {
builder.append((char) value);
if (builder.length() == size) {
String result = builder.toString();
builder.setLength(0);
return result;
} else {
return null;
}
}
}
它不是那么容易理解,也可能不那么高效,但它也适用于惰性字符流(节省内存)。
答案 2 :(得分:0)
您可以尝试以下内容,您可以将String转换为char []并以3为单位循环遍历它们以获取该字符串:
String str = "ggtacctcctacgggaggcagcagtgaggaattttccgcaatgggcgaaagcctgacgga";
char[] array = str.toCharArray();
List<String> result = new ArrayList<String>();
for(int i = 0; i<array.length; i+=3)
{
StringBuilder s = new StringBuilder();
for(int j = i ; j<array.length && j < i+3; j++)
{
s.append(array[j]);
}
result.add(s.toString());
}
列表结果现在包含长度为3的字符串,如果大小不是3的倍数,则不会中断。
答案 3 :(得分:0)
以下是另一种使用substring
方法(不含StringTokenizer
)的解决方案:
public static void main(String[] args) {
String s = "ggtacctcctacgggaggcagcagtgaggaattttccgcaatgggcgaaagcctgacgga";
char[][] c = new char[s.length()/3][3];
for ( int i = 0 ; i < s.length() ; i+=3 ) {
String substring = s.substring(i, i+3);
c[i/3] = substring.toCharArray();
}
// test
for ( int i = 0 ; i < c.length ; i++ ) {
for ( int j = 0 ; j < c[0].length ; j++ ) {
System.out.print(c[i][j]);
}
System.out.println();
}
}