了解matlab中的fastaread函数

Question

我在the documentation搜索了快速分类函数，但我仍然对序列部分感到困惑。

因此，假设我的文件存储在file_path位置，fastaread(file_path)将返回获得的数据。

fastaread返回两列，一列是标题标题，另一列是标题序列。然后，fastaread(file_path).sequence将返回序列列？这是否意味着fastaread(file_path).sequence是列向量？

Answer 1

实际上它是一个包含字符的行向量。

Matlab提供的数据示例：

p53nt = fastaread('p53nt.txt')

提供包含2个字段的结构：Header和Sequence。

p53nt.Header提供有关实际序列的信息：

p53nt.Header

ans =

gi|8400737|ref|NM_000546.2| Homo sapiens tumor protein p53 (Li-Fraumeni syndrome) (TP53), mRNA

虽然p53nt.Sequence提供了一个大小为1xN的字符数组：

S = p53nt.Sequence

S =

ACTTGTCATGGCGACTGTCCAGC... And so on

键入whos S即可：

Name      Size              Bytes  Class    Attributes

  S         1x2629             5258  char               

因此，如果由于某种原因需要列向量，请使用冒号运算符：

S = S(:);

希望现在更清楚一点！