从RStudio或通过Rscript调用`system（）`的不同之处？

Question

我正在尝试从MEME suite运行外部工具，这个工具之一（jaspar2meme）生成一个文本文件，然后将其用作第二个工具（fimo）的输入。这是我的代码：

#!usr/bin/Rscript

com1 <- "meme/bin/jaspar2meme"
arg1 <- "-bundle jaspar_plant_2014.pfm"
message("jaspar2meme command: ", com1, arg1)
system2(command = com1, args = arg1, stdout =  "motif.fimo", wait = T)

com2 <- paste0("meme/bin/fimo")
arg2 <- paste0("--text --oc . --verbosity 1 --thresh 1.0E-4 --bgfile bg.fimo motif.fimo Genes_up_h16.ame")
message("FIMO command: ", com2, arg2)
system2(command = com2, args = arg2, stdout = "fimoresult.txt", wait = T)

当我从RStudio中运行此代码时（通过source），它运行正常：文件motif.fimo由jaspar2meme生成，并由fimo用于生成生成的文件fimoresult.txt。

当我从shell（bash）通过Rscript运行相同的脚本时，motif.fimo也按预期生成，但fimo和fimoresult.txt找不到system()仍然是空的。

到目前为止，我尝试使用system2()或wait=T，使用motif.fimo选项，指定{{1}}的完整路径，但没有成功。< / p>

Answer 1

我终于得到了...... locale变量在RStudio和Rscript中有所不同。 motif.fimo生成的jaspar2meme文件在两种情况下都看起来相同，但显然不是。通过以下方式将第一个电话号码更改为system2()

system2(command = com1, args = arg1, stdout =  "motif.fimo", wait = T, env = c("LC_NUMERIC=C"))

解决我的问题。