我正在运行一个脚本,在glmer模型上执行自动向后选择。该脚本运行顺序drop1()命令,在每个步骤后自动删除具有最高p值的预测变量。这是非常耗时的,所以我想让它一夜之间运行,但是当我离开电脑时R停止运行。
我在Snow Leopard中运行R 3.1.1。我已经设置了系统偏好设置以防止计算机睡眠,我也通过运行" pmset noidle"来防止睡眠。在终端。尽管如此,当我让我的脚本运行时,它会在我上次活动(在任何应用程序中)后约45分钟静默暂停,并在我早上再次开始使用计算机时默默地恢复。我可以大致告诉脚本何时处于活动状态,因为它会定期打印时间戳。我在这篇文章的底部贴了一个输出的示例片段(大多数人都可以看到时间戳)。我知道我收到了一些与模型拟合相关的警告,但我很确定这些不会造成7.5小时的延迟!
这是否发生在其他人身上?有关如何在我离开计算机的同时保持脚本运行的任何建议?我是网站的新手,所以请告诉我我可以提供的其他信息。
[1] "Wed Feb 25 21:31:59 2015"
Single term deletions
Model:
Pref ~ Nut * Subfamily + Nut * Sex + Subfamily * Sex + DrinkDur +
TrialTime + holdDur + FeedOrder + (1 | SpCode/Indiv)
Df AIC LRT Pr(Chi)
<none> 809.07
DrinkDur 1 810.77 3.703 0.05433 .
TrialTime 1 807.06 -0.011 1.00000
holdDur 1 807.37 0.306 0.58036
FeedOrder 1 810.24 3.172 0.07490 .
Nut:Subfamily 32 820.47 75.404 2.315e-05 ***
Nut:Sex 4 843.44 42.375 1.395e-08 ***
Subfamily:Sex 8 809.06 15.995 0.04245 *
---
Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
[1] "Now dropping TrialTime"
[1] "Wed Feb 25 22:39:51 2015"
Single term deletions
Model:
Pref ~ Nut + Subfamily + Sex + DrinkDur + holdDur + FeedOrder +
(1 | SpCode/Indiv) + Nut:Subfamily + Nut:Sex + Subfamily:Sex
Df AIC LRT Pr(Chi)
<none> 807.06
DrinkDur 1 808.72 3.665 0.05556 .
holdDur 1 805.33 0.276 0.59950
FeedOrder 1 808.19 3.134 0.07667 .
Nut:Subfamily 32 818.18 75.125 2.523e-05 ***
Nut:Sex 4 841.42 42.360 1.405e-08 ***
Subfamily:Sex 8 807.18 16.125 0.04062 *
---
Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
[1] "Now dropping holdDur"
[1] "Thu Feb 26 00:39:02 2015"
Single term deletions
Model:
Pref ~ Nut + Subfamily + Sex + DrinkDur + FeedOrder + (1 | SpCode/Indiv) +
Nut:Subfamily + Nut:Sex + Subfamily:Sex
Df AIC LRT Pr(Chi)
<none> 805.33
DrinkDur 1 806.85 3.519 0.06066 .
FeedOrder 1 806.47 3.134 0.07667 .
Nut:Subfamily 32 816.48 75.144 2.508e-05 ***
Nut:Sex 4 839.69 42.357 1.407e-08 ***
Subfamily:Sex 8 805.55 16.220 0.03934 *
---
Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
[1] "Now dropping FeedOrder"
[1] "Thu Feb 26 08:04:21 2015"
There were 50 or more warnings (use warnings() to see the first 50)
Single term deletions
Model:
Pref ~ Nut + Subfamily + Sex + DrinkDur + (1 | SpCode/Indiv) +
Nut:Subfamily + Nut:Sex + Subfamily:Sex
Df AIC LRT Pr(Chi)
<none> 806.47
DrinkDur 1 808.10 3.636 0.05655 .
Nut:Subfamily 32 819.11 76.647 1.574e-05 ***
Nut:Sex 4 840.14 41.678 1.945e-08 ***
Subfamily:Sex 8 806.69 16.222 0.03931 *
---
Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
[1] "Now dropping DrinkDur"
[1] "Thu Feb 26 09:48:59 2015"
Single term deletions
Model:
Pref ~ Nut + Subfamily + Sex + (1 | SpCode/Indiv) + Nut:Subfamily +
Nut:Sex + Subfamily:Sex
Df AIC LRT Pr(Chi)
<none> 808.10
Nut:Subfamily 32 821.02 76.918 1.446e-05 ***
Nut:Sex 4 842.05 41.944 1.713e-08 ***
Subfamily:Sex 8 807.25 15.147 0.05635 .
---
Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
[1] "Now dropping Subfamily:Sex"
[1] "Thu Feb 26 10:02:58 2015"
Single term deletions
Model:
Pref ~ Nut + Subfamily + Sex + (1 | SpCode/Indiv) + Nut:Subfamily +
Nut:Sex
Df AIC LRT Pr(Chi)
<none> 807.25
Nut:Subfamily 32 829.94 86.695 6.160e-07 ***
Nut:Sex 4 849.83 50.576 2.737e-10 ***
---
Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
答案 0 :(得分:1)
我不确定为什么你会遇到这个问题,考虑到你用来防止电脑进入睡眠状态的选项(你是否还禁用了屏幕保护程序?)。
让我们解决问题,而不是试图弄清楚为什么你的计算机进入睡眠或空闲状态,尽管你试图通过设置来防止这种情况。
这是你应该做的:
screen
以启用multiplexing screen program,这对于持久性非常有用(主要用于远程连接到Linux服务器,但在此处也很有用)/usr/bin/Rscript "/Users/usr/Documents/longscript.R"
这应该可以解决问题。如果您需要格外谨慎或遇到任何问题,try running Caffeinate
first。