加速或替换R中的嵌套循环

时间:2015-02-26 00:25:16

标签: r performance loops

我试图使用不同长度的时间序列进行动态时间序列变形,并考虑比较所有这些变量以识别不同的簇。为此,我使用的是dtw库。但我发现的问题更高层次。我正在尝试创建一个距离矩阵,其中每个系列的距离都与其他系列相关,并且为了索引它我唯一的方法就是一个很长的嵌套循环,这个循环非常慢。顺便说一句,地狱是一个包含所有时间序列。我想就加快这项行动的最佳方法提供一些指导。

for (j in 1:10){
    for(i in 1:10){
        alig =  dtw(hell[[i]],hell[[j]],open.end=T,open.begin=T,step=asymmetric,keep=T)  
        m[i,j] = (alig$distance) 
   }
}

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