将shell脚本的输出组织到文本文件中的表中

Question

我正在使用unix shell脚本进行基因组构建，然后创建一个系统发育。根据您使用的基因组装配器，最终输出（系统发育）可能会发生变化。我想比较使用各种基因组装配器的效果。我已经开发了一些指标来比较它们，但我需要帮助组织它们，以便我可以运行有用的分析。我想将我的数据导入到列中的excel中。

这是我用来输出数据的脚本：

echo "Enter the size (Mb or Gb) of your data set:"
read SIZEOFDATASET
echo "The size of your data set is $SIZEOFDATASET"
echo "Size of Data Set:" >> metrics_file.txt 
echo $SIZEOFDATASET >> metrics_file.txt

echo "Enter the name of your assembler"
read NAMEOFASSEMBLER
echo "You are using $NAMEOFASSEMBLER as your assembler"
echo "Name of Assembler:" >> metrics_file.txt 
echo "$NAMEOFASSEMBLER" >> metrics_file.txt
echo "Time:" >> metrics_file.txt

目前输出如下：

Size of Data Set:
387 Mb
Name of Assembler:
Velvet
Genome Size:
1745690
Time:

我希望它看起来像这样：

提前致谢！

Answer 1

#!/bin/sh

in_file=in.txt      # Input file
params=3            # Parameters count
res_file=$(mktemp)  # Temporary file
sep=' '             # Separator character

# Print header
cnt=0
for i in $(cat $in_file | head -$((params*2))); do
    if [ $((cnt % 2)) -eq 0 ]; then
        echo $i
    fi
    cnt=$((cnt+1))
done | sed ":a;N;\$!ba;s/\n/$sep/g" >>$res_file

# Parse and print values
cnt=0
for i in $(cat $in_file); do
    # Print values, skip param names
    if [ $((cnt % 2)) -eq 1 ]; then
        echo -n $i >>$res_file
    fi

    if [ $(((cnt+1) % (params*2))) -eq 0 ]; then
        # Values line is finished, print newline
        echo >>$res_file
    elif [ $((cnt % 2)) -eq 1 ]; then
        # More values expected to be printed on this line
        echo -n "$sep" >>$res_file
    fi

    cnt=$((cnt+1))
done

# Make nice table format
cat $res_file | column -t
rm -f $res_file

说明

此脚本假定：

• 输入文件名为“in.txt”（参见 in_file 变量）
• 输入文件使用您描述的格式
• 结果表应该有3列（参见 params 变量）

大多数代码只是解析您的输入数据格式。实际列格式由column工具完成。

如果要将此表格导出为Excel，只需将 sep 变量更改为','，并将结果输出保存到 .csv 文件。可以在Excel应用程序中轻松导入此文件。

实施例

输入文件：

Size
387
Name
Velvet
Time
13
Size
31415
Name
Minia
Time
18
Size
31337
Name
ABCDEF
Time
42

脚本输出：

Size   Name    Time
387    Velvet  13
31415  Minia   18
31337  ABCDEF  42

Answer 2

Sam的答案提供了您正在寻找的内容，但您也可以考虑使其更加简化，无需将指标文件转换为表格，只需立即编写表格即可。例如，编写一个这样的脚本，user_input.bash：

echo "Enter the size (Mb or Gb) of your data set:" > /dev/stderr
read SIZEOFDATASET
echo "The size of your data set is $SIZEOFDATASET" > /dev/stderr
echo "Enter the name of your assembler" > /dev/stderr
read NAMEOFASSEMBLER
echo "You are using $NAMEOFASSEMBLER as your assembler" > /dev/stderr
echo "Enter Time:" > /dev/stderr
read TIME
echo "You entered Time:" $TIME > /dev/stderr
echo "Name Size Time"
echo $NAMEOFASSEMBLER $SIZEOFDATASET $TIME

使用程序：

 ./user_input.bash > metrics.file.1.txt
    ./user_input.bash > metrics.file.2.txt
    ./user_input.bash > metrics.file.3.txt
    ...

收集所有结果：

head -n 1  metrics.file.1.txt > allmetrics.txt
tail -n +2 -q metrics.file.*.txt > allmetrics.txt

HTH