Question

我正在使用两个表：目标表有mid，gid和miRNA表有mid，miRNA_name。（mid是miRNA的ID，gid是基因的ID）。

我想列出最常见的基因调控的前10种miRNA。每行应该有miRNA id＃1，miRNA名称＃1，miRNA id＃2，miRNA名称＃2和共同基因的数量。

目标表格：

miRNA表格ex：

mid      name
1       hsa-miR-4711
2       hsa-miR-36
3       hsa-miR-54

我想我需要将这两个表分组到mid，然后按gid排序。有了这个，我应该找到哪些mids有共同的gid，并按照select子句中的指定列出它们以及常见基因数（count gid）。

到目前为止，我有以下内容，但我不确定这是否正确。任何帮助将非常感激。先感谢您！：）

SELECT m.mid, m.name, n.mid, n.name, COUNT (*)
FROM (SELECT mid, gid FROM miRNA JOIN targets USING (mid)) as m
AND (SELECT mid, gid FROM miRNA JOIN targets USING (mid)) as n
WHERE COUNT(*)>1
GROUP BY gid
LIMIT 10;

输出应如下所示：

mid1    name1          mid2     name2         count
1       hsa-miR-4711   3        hsa-miR-54    297
2       hsa-miR-36     3        hsa-miR-54    209

Answer 1

只是为了确认......你只关心最常见的两个miRNA条目。因此，实质上，将miRNA＃1与miRNA＃2的所有gID，miRNA＃3的gID等进行比较。

如果m＃7与m＃58共有7个基因组ID，而m＃23与m＃49等共有6个共同...下游，但m＃7也可能有5个共同点米＃38。如果是这样，您的此示例列表将显示类似

的内容

miNRA7  (17's name)   miNRA 58  (58's name)   7
miNRA23 (23's name)   miNRA 49  (49's name)   6
miNRA7  (17's name)   miNRA 38  (38's name)   5

如果是这种情况，我会自行加入连接以获得合格的，然后获取名称。我会确保你的TARGETS表作为（gid，mid）的索引作为一个索引，而不是两个单独的索引。

select
      TopPairs.mid,
      m1.name as NRAName1,
      TopPairs.AltMID,
      m2.name as NRAName2,
      TopPairs.PairCount
   from
      ( select
              t1.mid,
              t2.mid as AltMID,
              count(*) as PairCount
           from
              Targets t1
                 JOIN Targets t2
                        t1.gid = t2.gid
                    AND t1.mid < t2.mid
           group by
              t1.mid, 
              t2.mid
           having
              count(*) > 1
           order by
              count(*) DESC
           limit 10 ) TopPairs
      JOIN miRNA m1
         on TopPairs.mid = m1.mid
      JOIN miRNA m2
         on TopPairs.AltMID = m2.mid

加入＆＃34; t2＆＃34;别名（第二个实例）首先显式匹配匹配的gID，但仅适用于t2.mid比t1.mid更大的那些。这样＃1与＃2，＃3，＃4等相比，但永远不需要将＃2，＃3或＃4比作＃1，因为它们已经完成了。

只有在基因组比较完成后你才能获得有限列表，并加入指定的miNRA表来获取输出的显式名称。如果要丢弃300k基因组比较并保持10，则无需获取这些细节。获得10，然后加入。

mySQL：查找两列之间最常见的值

1 个答案: