Question

如何为以下数据绘制热图，其中包含Y轴中的ID及其在X轴上的相应名称

  ID       Name1      Name2       Name3        Name4     Name5    Name6
  Gp2      2,86148    7,86926     5,00778      3,6586    5,66554  2,00694
 Cldn10    3,30779    8,03876     4,73097      4,4237    7,96975  3,54605
 Cldn10    4,261      8,7293      4,4683       4,3483    9,03017  4,68187

Answer 1

read.table允许您指定数据包含标题和行名称：

x = read.table('filename', header = TRUE, row.names = 1)
heatmap(as.matrix(x))

这假定数据不包含','作为千位分隔符。如果要将,用作小数点，只需指定相应的选项：

x = read.table('filename', header = TRUE, row.names = 1, dec = ',')

如果您的输入数据包含逗号作为千位分隔符，则需要先删除它们：

raw_data = readLines('filename')
raw_data = gsub('(\\d+),(\\d+)', '\\1\\2', raw_data)
x = read.table(text = raw_data, header = TRUE, row.names = 1)

如何使用R绘制给定数据集的热图

1 个答案: