Question

我目前正在使用Apache UIMA来检索表型术语的出现列表。但是，文档（为什么这么多生物信息学软件API缺乏良好的文档！）似乎只是指向CAS调试器GUI，而不是能够返回注释索引。

http://i.stack.imgur.com/giNoj.png - CAS GUI的图片，我想让它返回左下角的注释索引

就像我说的那样，文档并没有真正回答这个问题（https://uima.apache.org/documentation.html），但通常我希望能够在Annotator类中调用process（）方法，并让它返回一旦找到任何和所有出现的注释索引。

对不起，如果这是一个愚蠢的问题并且有一个明显的答案，我到目前为止花了三个小时浏览文档并且没有找到答案，如果有人＆＃39;尝试以类似的方式将它集成到一个项目中并且可以指向正确的方向，我将非常感激！

Answer 1

处理方法改变CAS内的状态。在调用ae.process（cas）或ae.process（jcas）之后，注释存储在CAS中。只需从（J）Cas获取注释索引。

Apache uimaFIT也可能对您很方便，因为它提供了各种各样的＆＃34; select＆＃34;访问（J）CAS中的注释的方法，例如：

// CAS version
Type tokenType = CasUtil.getType(cas, "my.Token");
for (AnnotationFS token : CasUtil.select(cas, tokenType)) {
  ...
}

// JCas version
for (Token token : JCasUtil.select(jcas, Token.class)) {
  ...
}

有关此API的更多详细信息，请参阅uimaFIT documentation，特别是管道和访问方法部分。

披露：我正在研究Apache uimaFIT。

有没有办法从Apache UIMA检索注释列表而不是使用CAS GUI？

1 个答案: