我对转换成本矩阵存在逻辑问题。我正在使用R包Traminer处理序列不相似性。
我试着给你一个简单的例子（非常简单，但我希望能解释我的问题）：
有三个序列，我想计算相异矩阵。 字母表是：H（健康状况），I（在家里生病），IH（在医院生病），D（死亡）
我观察了3个受试者进行了5次观察。这些是序列：
H – H – I – D – D
H – I – I – I – D
I – I – H – IH – IH
替代成本矩阵是4x4表（状态x状态）。 它必须是对称的？ 这是我的逻辑问题：虽然可以从状态H，I或IH“转移”到状态Died，但相反是不合逻辑的。
我可以在TraMineR中使用非对称替代成本矩阵吗？
如果在我的数据库中，从状态“I”到“D”的替换成本（例如，用sm = "TRATE"计算）低于（0.5）从状态“I”到“IH”的替换成本'（0.6），OM算法用“I”替换“H”代替“HI”。
答案 0 :(得分：2)
转换率（估计的转换概率）不应与替代成本相混淆。替代成本应该反映出各州之间的差异。
转换率矩阵（由seqtrate返回）不对称。
用于计算距离的替代成本，例如最佳匹配距离，必须是对称的。否则，结果将不是距离矩阵，并且将这样的非对称矩阵输入到例如聚类过程将导致意外结果。
从转换率中获得替代成本只是定义替代成本的几种可能性之一。让$ p（i | j）$成为从$ j $过渡到$ i $的概率，它包括将替代成本定义为
$ c（i，j）= 2 - p（i | j） - p（j | i）$
答案 1 :(得分：1)
在我看来，您正在寻找自定义成本矩阵。使用TRATE或CONSTANT方法不是强制性的。
要创建自定义矩阵，您只需执行以下操作：
myscm <- matrix(c(0,1,2,
1,0,2,
2,2,0), nrow=3, ncol=3)
dist.om <- seqdist(my.seq, method="OM", sm=myscm)
其中myscm是您的自定义矩阵
这取自http://lists.r-forge.r-project.org/pipermail/traminer-users/2011-July/000075.html
我相信你有两个选择：
1）为所有过渡和完整的自定义矩阵创建基本原理
2）获取您已经生成的转换矩阵（使用seqsubm(your.seq, method = "TRATE")）并仅更改不一致的值。这就是我在上次分析中所做的。