Question

我有以下数据框叫做＆＃34; test＆＃34;包含基因名称和差异：

genes     variance
RERE      0.27742
DLEC1     0.630556
RERE      0.45678
...       ...

我想用每个基因的最大方差创建一个新的数据框：

genes     variance
RERE      0.45678
DLEC1     0.630556
...       ...

我试过了：

aggregate(test$variance, by = list(test$genes), max)

但得到此错误：

Error in Summary.factor(13308L, na.rm = FALSE): 'max' not meaningful for factors

我非常感谢任何建议。谢谢！

Answer 1

如评论中所示，您似乎是＆＃34;差异＆＃34;您期望成为数字的列实际上是一个因素。

您可以在aggregate命令本身中对其进行转换，但这可能是一个更明智的选择，可以首先弄清楚这种转换发生的原因。

aggregate(test$variance, by = list(test$genes), max)
# Error in Summary.factor(3L, na.rm = FALSE) : 
# ‘max’ not meaningful for factors
aggregate(as.numeric(as.character(test$variance)), 
          by = list(test$genes), max)
#   Group.1        x
# 1   DLEC1 0.630556
# 2    RERE 0.456780

样本数据

test <- structure(
  list(genes = c("RERE", "DLEC1", "RERE"), 
       variance = structure(
         c(1L, 3L, 2L), .Label = c("0.27742", "0.45678", "0.630556"),
         class = "factor")), .Names = c("genes", "variance"), 
  row.names = c(NA, -3L), class = "data.frame")

我有聚合的麻烦，但它应该工作

1 个答案:

样本数据