在Shiny选项卡中使用多个R Markdown文件

时间:2015-02-16 22:11:45

标签: r shiny rstudio shiny-server

我正在构建一个闪亮的应用程序,我想要有多个标签集。我到目前为止的代码给了我:

shinyUI(navbarPage("OEI Grant",
  tabPanel("Part 1 - Organization",
           tabsetPanel("1.x",
                       tabPanel("1.1"),
                       tabPanel("1.2"),
                       tabPanel("1.3")
                       ))))

Current Layout

我无法弄清楚的部分是如何为每个标签(1.1,1.2等)获取单独的交互式文档(R markdown .Rmd文件)。

我正在寻找相当于includeMarkdown()的功能,但是对于那些本身包含Shiny Apps的R Markdown文件。

例如在1.1中我可能想要显示以下简单.Rmd文件的输出:

---
runtime: shiny
---
# Data visualization

Example visualization

```{r read-in-data, echo = FALSE, eval=TRUE, message=TRUE}
library(ggplot2)
data(OrchardSprays) # Use this data                                                                                                                                                                            
head(OrchardSprays)
```

## Histogram

We can also look at this data in an interactive histogram.

```{r histogram, echo = FALSE, eval=TRUE}
shinyAppDir(
    "histogram/",
    options=list(width="100%", height=450)
  )
```

This RTutor Shiny App类似于我尝试做的多个选项卡,但是从查看代码开始,我认为所有内容都在一个R markdown文件中提供,并以某种方式解析为不同的部分。

R Markdown文档谈到linking multiple pages,但我想要内容而不是链接。

唯一的example in the Gallery for Tabsets显示了如何将server.R的输出放入不同的选项卡,但不是单独的R Markdown文件。

关于如何做到这一点的任何想法?

3 个答案:

答案 0 :(得分:6)

作为前面回答中提到的方法的替代方法,您可能希望尝试此回购https://github.com/vnijs/shiny-site中说明的方法。这是一个概念证明,你可以使用Knitr渲染rmarkdown文件,而不需要将文件拆分成部分。它的工作原理是使用Shiny的renderUI功能并评估shinyServer环境中的rmarkdown文件。

答案 1 :(得分:2)

可能这没有什么帮助,因为它没有回答关键问题,如何将交互式降价文件(带闪亮的)放入标签中。

RTutor解析一个Rmd解决方案文件,将其分成不同的部分,然后使用大量动态UI,这些UI填充了通过编织这些部分而创建的html输出。

要将变量txt中的markdown源动态编织为html,您可以使用:

ktxt = knit(text=txt) html= markdownToHTML(text=ktxt, fragment.only=TRUE)

您可以通过相应的渲染功能将创建的html分配给htmlOutputuiOutput(请参阅http://shiny.rstudio.com/articles/dynamic-ui.html)。 (RTutor使用包有shineEvents的setUI函数来渲染html,但这只是一个包装器。)

我不知道是否有可能呈现具有以这种方式嵌套的闪亮应用的Rmd代码。在RTutor中,交互性由RTutor包执行,该包可以动态构建所有小部件。基础Rmd文件中没有闪亮的代码。

答案 2 :(得分:2)

我目前的方法类似于@ sebastian-kranz的评论。我将Rmd文件分解为块,因为在闪亮的应用程序(AFAIK)中调用markdown文档时,交互式元素将无法工作。以下示例。如果您可以创建一个适用于运行时的动态降价文档,那将会很棒:闪亮,然后从一个闪亮的应用程序中调用它。

output$mini_case_1 <- renderUI({
  tagList(
    rmarkdown::render("./cases/case1/01_test.Rmd", html_document()),
    inclRmd("./cases/case1/01_mini_case_1.Rmd"),
    sliderInput("price_coeff", label = "Adjust price sensitivity:", min = -20, max = 0, value = -6, step = 1),
    plotOutput("mc1_demand"),
    inclRmd("./cases/case1/02_mini_case_1.Rmd"),
    sliderInput("price", label = "Adjust price:", min = 0, max = 12, value = 3, step = 1),
    plotOutput("mc1_profit"),
    inclRmd("./cases/case1/03_mini_case_1.Rmd")
  )
})

inclRmd <- function(path) {
  paste(readLines(path, warn = FALSE), collapse = '\n') %>%
  knitr::knit2html(text = ., fragment.only = TRUE, options = "",
                   stylesheet=file.path(r_path,"../www/empty.css")) %>%
    gsub("&lt;!--/html_preserve--&gt;","",.) %>%
    gsub("&lt;!--html_preserve--&gt;","",.) %>%
    HTML %>%
    withMathJax
}