安装目录不可写，无法更新软件包'boot'，'class'，'KernSmooth'，'mgcv'，'nnet'，'rpart'，'spatial'

Question

我在Ubuntu 14.04上的R版本3.1.2上安装了Bioconductor软件包，并收到以下消息：

  

下载的源包在     '/ tmp / RtmpZYw0Qp / downloaded_pa​​ckages'警告消息：已安装   目录不可写，无法更新包'boot'，'class'，   'KernSmooth'，'mgcv'，'nnet'，'rpart'，'spatial'

这是什么意思，以及它如何影响在R上使用上述软件包？

Answer 1

我在R-studio工作时面临同样的问题。解决方案是提供对R的root访问权。

在Windows中，这意味着您需要以管理员身份运行程序。

在Unix / Linux中，您应该通过sudo R。

从终端启动R.

然后，一旦你以足够的权限运行，你可以尝试安装你的包，它应该可以工作。

Answer 2

警告意味着列出的软件包的最新版本可用，但无法更新您的版本，因为无法写入安装软件包的目录。通常这意味着R安装了系统管理员＆＃39;权限，但您尝试以普通用户身份更新包。

结果是您无法使用更新的软件包中实现的功能或错误修复。具体后果可能包括手册上的小型印刷更正，以及严重的错误修复。定性地说，我的赌注是它并不重要＆＃39;对于大多数用途。

解决方案是在以具有写入已安装目录中的软件包的权限的用户身份运行R时更新这些软件包 - 通常是.libPaths()输出的最后一个元素，或更精细的installed.packages()[, "LibPath"] 1}}

Answer 3

我在Windows下安装三个Bioconductor软件包时遇到了同样的问题。两个（我真正想要的包的依赖性）已经在我的系统中以更新的形式出现（如@ Martin-Morgan解决方案中所述），因此不需要采取任何措施。但是，没有安装一个。为此，第三个包，我成功地从安装失败期间下载的本地文件进行安装，而不必升级权限（这是@Ninadmw概述的下一步）。

在R中，转到菜单Packages/Install Package(s) from local files并导航到列出的本地下载目录，在您的情况下为/tmp/RtmpZYw0Qp/downloaded_packages，然后选择要安装的软件包。

在RStudio（您应该使用）中，转到菜单Tools\Install Packages，将安装从字段更改为Package Archive File (.zip; .tar.gz)，使用Browse...导航到列出的下载目录，该目录位于您的案例是/tmp/RtmpZYw0Qp/downloaded_packages并选择您要安装的软件包。然后单击Install按钮。