Question

在所有其他情况下，当我在RStudio项目中工作时，我可以在脚本中相对于项目根目录进行引用。例如，我可以dfX = read.csv("Data/somefile.csv")，文件夹Data相对于我的项目根目录。

knitr块中的相同代码找不到该文件。我想这是因为knitr创建了一堆临时目录，需要相对于文件位置引用它们。有没有简单的方法来改变这种行为？显然，我不想将整个路径添加到项目文件夹中 - 我知道我可以使用knitr::opts_knit$set(root.dir = rootPath)轻松完成此操作。这完全打破了跨机器和操作系统的可维护性。

修改：这似乎与this question密切相关。

Answer 1

当你打电话给'knit'时，你可能知道包目录的路径，那么怎么样：

ENV <- new.env()
assign("workingDirectory", getcwd(), envir = ENV)
knitr::knit(...,
            # THE ENVIRONMENT IN WHICH THE CODE CHUNKS ARE TO BE EVALUATED
            envir=ENV)

然后在你的rmd文件中你可以这样做：

```{r]  print(workingDirectory)```

如果您要搜索当前安装的位置，可以使用：

PATH = NULL
for(libPath in .libPaths())
    if('myPackage' %in% list.dirs(libPath,FALSE,FALSE)){
        PATH = file.path(libPath,'myPackage')
    }

if(is.null(PATH))
    stop('could not find package directory') 

ENV <- new.env()
assign("workingDirectory", PATH, envir = ENV)
knitr::knit(...,
            # THE ENVIRONMENT IN WHICH THE CODE CHUNKS ARE TO BE EVALUATED
            envir=ENV)

Answer 2

我的猜测是你正在“编织”的文件本身在一个子目录中。看来，当您单击“编织PDF”时，RStudio或knitr将setwd()添加到包含正在编织的文件的目录中。因此，您可能需要执行dfX = read.csv("../Data/somefile.csv")之类的操作才能获得正确的引用。

我有一个工作示例here。

为什么不编织尊重RStudio项目细节？

2 个答案: