Question

我有一个用来做事情的文件名;它是一个表示我感兴趣的路径的变量。在脚本的最后我想对它进行一些sed清理，但我不知道如何将变量传递给它。这就是我所拥有的：

library(gdata)
filename = file.choose()
mydata = read.xls(file.choose())
newdata <- subset(mydata[1:3])
filename=paste(filename,".bed")
write.table(newdata,filename,sep="\t",row.names=FALSE, col.names=FALSE)
system("sed -i '' 's/\"//g'" filename)

但我得到的错误如下 -

Error: unexpected symbol in "system("sed -i '' 's/\"//g'" filename"

我确定它确实与某种＆＃34;＆＃34;精神错乱，但无法弄清楚

Answer 1

尝试使用粘贴：

system(paste("sed -i '' 's/\"//g'",filename))

此外，当您将扩展名添加到paste0时，您可能希望使用paste代替sep=""（或添加filename参数），现在它添加了文件名和扩展名之间的空格。

filename=paste0(filename,".bed")

如何将变量传递给r中的sed

1 个答案: