我目前正在使用Rcpp在RStudio中构建一个包。我已经定义了以下.cpp文件,该文件适用于Rcpp::sourceCpp
。
// [[Rcpp::plugins(cpp11)]]
// [[Rcpp::interfaces(r, cpp)]]
#include <Rcpp.h>
#include <unordered_set>
using namespace Rcpp;
// [[Rcpp::export]]
std::unordered_set<int> traverse_cor(NumericMatrix x, float maxcor) {
std::unordered_set<int> elements;
int ncol = x.ncol();
for(int i = 0; i < ncol; i++) {
for(int j = 0; j < ncol; j++) {
if(i < j) {
if(x(i, j) > maxcor && x(i, j) < 1){
elements.insert(i + 1);
}
}
}
}
return elements;
}
我按照here和here的说明进行操作。接下来我打电话给Rcpp::compileAttributes()
。这将生成以下文件:
生成的mypackage_RcppExports.h文件如下所示:
// This file was generated by Rcpp::compileAttributes
// Generator token: 10BE3573-1514-4C36-9D1C-5A225CD40393
#ifndef __gwassim_RcppExports_h__
#define __gwassim_RcppExports_h__
#include <Rcpp.h>
namespace gwassim {
using namespace Rcpp;
namespace {
void validateSignature(const char* sig) {
Rcpp::Function require = Rcpp::Environment::base_env()["require"];
require("gwassim", Rcpp::Named("quietly") = true);
typedef int(*Ptr_validate)(const char*);
static Ptr_validate p_validate = (Ptr_validate)
R_GetCCallable("gwassim", "gwassim_RcppExport_validate");
if (!p_validate(sig)) {
throw Rcpp::function_not_exported(
"C++ function with signature '" + std::string(sig) + "' not found in gwassim");
}
}
}
inline std::unordered_set<int> traverse_cor(NumericMatrix x, float maxcor) {
typedef SEXP(*Ptr_traverse_cor)(SEXP,SEXP);
static Ptr_traverse_cor p_traverse_cor = NULL;
if (p_traverse_cor == NULL) {
validateSignature("std::unordered_set<int>(*traverse_cor)(NumericMatrix,float)");
p_traverse_cor = (Ptr_traverse_cor)R_GetCCallable("gwassim", "gwassim_traverse_cor");
}
RObject __result;
{
RNGScope __rngScope;
__result = p_traverse_cor(Rcpp::wrap(x), Rcpp::wrap(maxcor));
}
if (__result.inherits("interrupted-error"))
throw Rcpp::internal::InterruptedException();
if (__result.inherits("try-error"))
throw Rcpp::exception(as<std::string>(__result).c_str());
return Rcpp::as<std::unordered_set<int> >(__result);
}
}
#endif // __gwassim_RcppExports_h__
尝试构建并重新加载包后,我收到以下错误(1):
../ inst / include / gwassim_RcppExports.h:27:12:错误:&#39; unordered_set&#39;在 命名空间&#39; std&#39;没有命名类型
和(2)
RcppExports.cpp:12:1:错误:&#39; unordered_set&#39;在命名空间&#39; std&#39;不 不要命名类型
我的C ++经验有限,但我的感觉是这些错误是由于#include <unordered_set>
被忽略而发生的。如何让这些自动生成的文件具有正确的标题?
我的sessionInfo如下:
Session info ----------------------------------------------------------------------
setting value
version R version 3.1.0 (2014-04-10)
system x86_64, mingw32
ui RStudio (0.99.235)
language (EN)
collate English_United States.1252
tz America/New_York
Packages --------------------------------------------------------------------------
package * version date source
devtools 1.7.0.9000 2015-02-11 Github (hadley/devtools@9415a8a)
digest * 0.6.4 2013-12-03 CRAN (R 3.1.0)
memoise * 0.2.1 2014-04-22 CRAN (R 3.1.0)
mvtnorm 1.0-2 2014-12-18 CRAN (R 3.1.2)
Rcpp 0.11.4 2015-01-24 CRAN (R 3.1.2)
roxygen2 * 4.1.0 2014-12-13 CRAN (R 3.1.2)
rstudioapi * 0.2 2014-12-31 CRAN (R 3.1.2)
stringr * 0.6.2 2012-12-06 CRAN (R 3.0.0)
我的g ++版本是4.6.3,包含在Windows的RTools包中。我已启用C ++ 11功能,具体如下:
Sys.setenv("PKG_CXXFLAGS"="-std=c++0x")
。
答案 0 :(得分:3)
这是一个挑剔的人。我想你想要Rcpp Attributes小插图的第3.5.2节和这个技巧:
Package.h
文件除了包含之外什么都不做Package_RcppExports.h
标题。这样就完成了包装 作者可以用自定义标题替换Package.h
标题 并且仍然能够包含自动生成的导出 (有关这样做的详细信息将在下一节中提供)。
顺便说一下,我想我也说服你创建一个包而不仅仅依靠sourceCpp()
:)
编辑: Doh !!我忽略了那部分
std::unordered_set<int> traverse_cor(NumericMatrix x, float maxcor)
可能不是可自动包装的功能。您可能需要将您的集合转换为向量(或列表或...),以便将其中一种类型自然地匹配到R中。