具有多个输入的SGE阵列作业

Question

所以，我想帮助创建一个shell脚本，这个脚本允许我提交一个数组作业，其中每个作业都有多个输入文件。我如何运行每个作业有一个输入的数组作业的示例如下：

DIR=/WhereMyFilesAre 
LIST=($DIR/*fastq) #files I want to process
INDEX=$((SGE_TASK_ID-1))
INPUT_FILE=${LIST[$INDEX]}

bwa aln ${DIR}/referencegenome.fasta $INPUT_FILE > ${INPUT_FILE%.fastq}.sai

所以，基本上我想要的是类似的东西，除非我有两个或更多的文件列表而不是一个。这些文件需要正确配对。例如，如果我有File1_A.txt，File1_B.txt，File2_A.txt，File2_B.txt，以及看起来像一般的东西

program input1 input2 > output

我希望生成的作业具有看起来像

的行

program File1_A.txt File1_B.txt > File1.txt

program File2_A.txt File2_B.txt > File2.txt

Answer 1

正如您指定的那样，如果两个输入文件具有固定的命名术语，除了$ INDEX，那么只需在作业脚本中使用SGE_TASK_ID作为INDEX：

program File${SGE_TASK_ID}_A.txt File${SGE_TASK_ID}_B.txt > File${SGE_TASK_ID}.txt