Question

我可以使用hclust类绘制树形图，但是当我尝试将其转换为ape包中的as.phylo时，它会给出错误的情节

plot.window（...）出错：需要有限的＆＃39; xlim＆＃39;值

知道什么可能导致问题吗？

谢谢，

mymerge<-Merg_Mat
myheight<-cumsum(abs(diff(ll)))
myhclust=list(order=lab,merge=mymerge,height=myheight)
class(myhclust)="hclust"
plot(as.phylo(myhclust),edge.col=colors,edge.width = 2, edge.lty =1,font=1)

Answer 1

我的猜测是，这个数字对于你的窗口来说太大了，试着把它输出到一个文件中。

pdf("my_plot.pdf")
plot(as.phylo(myhclust),edge.col=colors,edge.width = 2, edge.lty =1,font=1)
dev.off()

如果您阅读plot.phylo功能代码，则会看到xlim设置为c(0, depth_of_your_tree)。因此，如果设备太大（窗口或后记，see here，那只是因为你的树太深了。

PDF最大页面尺寸太大，应该能够保持你的身材。

plot.window（...）中的错误：需要plot.phylo中的有限'xlim'值

1 个答案: