Question

我正在尝试制作一个基本程序，将字符串ATGTACATGGGCATAGCCATATA翻译成其RNA序列，即UACAUGUACCCGUAUCGGUAUAU。

但输出是：CCCCCUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUU

但它不太合适。我认为问题是每个字母单独遍历整个字符串。

我对生物信息学编程非常陌生，所以任何建议都会受到欢迎。

DNA = "ATGTACATGGGCATAGCCATATA"
dna_length = len(DNA)

print("DNA: " + DNA)
print()
print("Length of DNA in base pairs: "+ str(dna_length))

RNA = []
for char in DNA:
    if char == "G":
        RNA.append("C")
for line in DNA:
    if char == "C":
        RNA.append("G")
for line in DNA:
    if char == "A":
        RNA.append("U")
for line in DNA:
    if char == "T":
        RNA.append("A")

print("".join(RNA))

Answer 1

我会使用dict来执行替换，然后在join中使用生成器表达式来执行翻译。

>>> RNA = {'G':'C', 'C':'G', 'A':'U', 'T':'A'}
>>> DNA = 'ATGTACATGGGCATAGCCATATA'
>>> translated = ''.join(RNA[i] for i in DNA)
>>> translated
'UACAUGUACCCGUAUCGGUAUAU'

Answer 2

问题在于，您在同一列表上循环四次，并且还修改了之前循环中所做的更改。因此，使用具有多个if-else条件的单个循环：

RNA = []
for char in DNA:
    if char == "G":
        RNA.append("C")
    elif char == "C":
        RNA.append("G")
    elif char == "A":
        RNA.append("U")
    elif char == "T":
        RNA.append("A")

print("".join(RNA))

最佳解决方案是使用str.translate：

>>> from string import maketrans
>>> s = "ATGTACATGGGCATAGCCATATA"
>>> tab = maketrans('GCAT', 'CGUA')
>>> s.translate(tab)
'UACAUGUACCCGUAUCGGUAUAU'

在Python 3中，我们可以在没有任何导入的情况下完成：

>>> s = "ATGTACATGGGCATAGCCATATA"
>>> s.translate({ord(k): v for k, v in zip('GCAT', 'CGUA')})
'UACAUGUACCCGUAUCGGUAUAU'

Answer 3

有str.maketrans从一组字符到另一组字符的转换表，str.translate将这种映射应用于字符串;这应该是最快的方法，因此

>>> DNA_2_RNA = str.maketrans('CGAT', 'GCUA')
>>> DNA = 'ATGTACATGGGCATAGCCATATA'
>>> RNA = DNA.translate(DNA_2_RNA)
>>> RNA
'UACAUGUACCCGUAUCGGUAUAU'

Answer 4

更正代码：

DNA = "ATGTACATGGGCATAGCCATATA"
dna_length = len(DNA)

print("DNA: " + DNA)
print()
print("Length of DNA in base pairs: "+ str(dna_length))

RNA = []
for char in DNA:
    if char == "G":
        RNA.append("C")
    elif char == "C":
        RNA.append("G")
    elif char == "A":
        RNA.append("U")
    elif char == "T":
        RNA.append("A")

print("".join(RNA))

结果：

DNA: ATGTACATGGGCATAGCCATATA
()
Length of DNA in base pairs: 23
UACAUGUACCCGUAUCGGUAUAU

字符串转换程序无效

4 个答案: