Question

我尝试使用包含pi0且依赖为true（http://cran.r-project.org/web/packages/pi0/pi0.pdf）的包pi0，以便根据inside-r.org报告创建t.test矩阵。

加载我得到的包裹：

库（＆＃39; pi0＆＃39;）loadNamespace中的错误（j＆lt; - i [[1L]]，c（lib.loc， .libPaths（）），versionCheck = vI [[j]]）：没有调用包 'qvalue'错误：'pi0'的包或命名空间加载失败

运行此代码：

set.seed(9992722)
dat=matrix(rnorm(30),3,10)
(pvals=matrix.t.test(dat,1,5,5)) # [1] 0.2112825 0.8366920 0.2891014
(pvals2=apply(dat,1,function(xx)t.test(xx[1:5],xx[6:10],var.equal=TRUE)$p.val))
all.equal(pvals,pvals2) ## TRUE

我明白了：

错误：找不到函数＆＃34; matrix.t.test＆＃34;

你有解决方案吗？

Answer 1

包pi0导入包qvalue。不幸的是，包qvalue已从CRAN存储库中删除。因此，当您尝试加载pi0包时，会收到错误消息。

来自DESCRIPTION的{{1}}文件：

进口：矩阵（＆gt; = 1.0-0），numDeriv，limSolve（＆gt; = 1.5.2），rgl， scatterplot3d， qvalue ，Iso（＆gt; = 0.0-5），quadprog（＆gt; = 1.5-3）， kernlab

现在可以从Bioconductor获得包pi0。您可以使用以下命令安装此软件包。

qvalue

现在，您可以加载包source("http://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("qvalue")，您的代码将毫无问题地运行。

pi0

正在加载包pi0。一个问题

1 个答案: