Question

我遇到了将要并行运行的流程与创建进度条相结合的问题。

我的流程代码是：

pred_pnn <- function(x, nn){
  xlst <- split(x, 1:nrow(x))
  pred <- foreach(i = xlst,.packages = c('tcltk', 'foreach'), .combine = rbind) 
  %dopar% 
{ mypb <- tkProgressBar(title = "R progress bar", label = "",
                        min = 0, max = max(jSeq), initial = 0, width = 300)
  foreach(j = jSeq) %do% {Sys.sleep(.1)
  setTkProgressBar(mypb, j, title = "pb", label = NULL)
  }  
  library(pnn)
 data.frame(prob = guess(nn, as.matrix(i))$probabilities[1], row.names = NULL)
}
}

我合并了我的代码和here

形式的代码

但没有编译。我收到了语法错误，但我无法找到它。

我尝试了其他代码：

pred_pnn <- function(x, nn){
  xlst <- split(x, 1:nrow(x))
  pred <- foreach(i = xlst, .combine = rbind) %dopar% 
{library(pnn)
 cat(i, '\n')
 data.frame(prob = guess(nn, as.matrix(i))$probabilities[1], row.names = NULL)
}
}

但我也有错误。

Answer 1

您尝试使用的方法可能在某些情况下有效，但它不是一个好的通用解决方案。我想要做的是在主进程中创建一个进度条（在foreach循环之外），然后在返回任务时让foreach更新该进度条。不幸的是，没有一个后端支持这一点。使用组合函数技巧可以做到这一点，但前提是你使用支持动态调用组合函数的后端，doParallel，doSNOW和doMC做不。这些后端不会动态调用combine，因为它们是使用clusterApplyLB和mclapply等函数实现的，这些函数不支持钩子以允许在返回任务时执行用户提供的代码。 / p>

因为我已经看到对foreach中的进度条支持感兴趣，我修改了doSNOW包以添加对特定于doSNOW的“进度”选项的支持，并且我将代码检查到了R中--Forge网站。它使用了snow包中的一些低级函数，遗憾的是，这些函数不会被parallel包导出。

如果您想试用这项新功能，则需要从R-Forge安装doSNOW。我在MacBook Pro上使用以下命令执行此操作：

install.packages("doSNOW", repos="http://R-Forge.R-project.org", type="source")

这是一个简单的示例脚本，演示了实验性的“progess”选项：

library(doSNOW)
library(tcltk)
cl <- makeSOCKcluster(3)
registerDoSNOW(cl)
pb <- tkProgressBar(max=100)
progress <- function(n) setTkProgressBar(pb, n)
opts <- list(progress=progress)
r <- foreach(i=1:100, .options.snow=opts) %dopar% {
  Sys.sleep(1)
  sqrt(i)
}

更新

现在，CRAN上最新版本的doSNOW提供了progress选项。

并行组合进度条和过程

1 个答案: