grep只有第三列但返回整行

时间:2015-01-29 08:04:22

标签: grep

我想在第三栏中用'6-1'开头的东西。所以应该抓住类似'6-1 * blahblah'的东西,我希望输出整条线。我想知道这是什么正确的语法?

一行样本输入包括:

hg19_gold_AL122127.6-109525 0   1-18*anc    1   18  65S185M *   0   0   GAGAAACCAGGCCAGTCATGTGAGACTTCACCCACTCCTGTGTCCTCTCCACAGGTGCCCACTCCCAGGTTCAGCTGGTGCAGTCTGGAGCTGAGGTGAAGAAGCCTGGGGCCTCAGTGAAGGTCTCCTGCAAGGCTTCTGGTTACACCTTTACCAGCTATGGTATCAGCTGGGTGCGACAGGCCCCTGGACAAGGGCTTGAGTGGATGGGATGGATCAGCGCTTACAATGGTAACACAAACTATGCACA  ?????@<BBDB@EDDDFGCG+FIFHIHHHFD>HIHII>AHHIIF5IHHHGIHDFEFHHGHHHHHIIFIDIGBAHIBHDH=BHIHG;IHHHFHF+HIHIIHDHGFI=H=H=FGG?FH7HHCHGGHGHHGDHFADEGFG2GFD@GGGGGBGCGEEGF*EGAGGFCFEFFGGFC0E;GCGEGCEFEFAEEGEE0EEGGECGGAGFEEEG?GCEHHHHF*ECF?G<FGEGFGAGGEEEEAGA8GE?GGEC?EGF  AS:i:37
hg38_gold_AC246787.2-87811  16  6-1*anc 259 2   47M203S *   AACTCTGTGACTCCCGAGGACACGGCTGTGTATTACTGTGCAAGAGACACAGTGAGGGGAAGTCAGTGTGAGCCCAGACACAAACCTCCCTGCAGGGATGCTCAGGACCCCAGAAGGCACCCAGCACTACCAGCGCAGGGCCCAGACCAGGAGCAGGTGTGGAGTTAAGCAAAAATGGAACTTCTTGCTGTGTCTTAAACTGTTGTTGTTTTTTTTTTTTTTTTGGCTCAGCAACAGAGATCATAGAAAA  CGFEGEG:C:G4E;CGEE*CC?G:?GG?GGECFCHFAECF:FAFEG*GGE6?0GCGE;GGEFFCEG:GGG/ECGG+GGF?2GEGGEGDGEEEEEF/EECGGGGGEGGGFGGGGGEGDGEHGEFGF5EG=GGFEHGDFHFHEEIHGGFHHFGGIHGHHHHHI-IHIHHIIEFICIIAHGHFHHIHIDGFCHHIHEHHIIFIDIHIHHGHFIIGIHFIFIEHHIFIIHHIFFGFFFDDE?DDDEBBB?????  AS:i:94 XS:i:68 XN:i:0  XM:i:0  XO:i:0  XG:i:0  NM:i:0  MD:Z:47 YT:Z:UU

但输出应该只是第二行

hg38_gold_AC246787.2-87811  16  6-1*anc 259 2   47M203S *   AACTCTGTGACTCCCGAGGACACGGCTGTGTATTACTGTGCAAGAGACACAGTGAGGGGAAGTCAGTGTGAGCCCAGACACAAACCTCCCTGCAGGGATGCTCAGGACCCCAGAAGGCACCCAGCACTACCAGCGCAGGGCCCAGACCAGGAGCAGGTGTGGAGTTAAGCAAAAATGGAACTTCTTGCTGTGTCTTAAACTGTTGTTGTTTTTTTTTTTTTTTTGGCTCAGCAACAGAGATCATAGAAAA  CGFEGEG:C:G4E;CGEE*CC?G:?GG?GGECFCHFAECF:FAFEG*GGE6?0GCGE;GGEFFCEG:GGG/ECGG+GGF?2GEGGEGDGEEEEEF/EECGGGGGEGGGFGGGGGEGDGEHGEFGF5EG=GGFEHGDFHFHEEIHGGFHHFGGIHGHHHHHI-IHIHHIIEFICIIAHGHFHHIHIDGFCHHIHEHHIIFIDIHIHHGHFIIGIHFIFIEHHIFIIHHIFFGFFFDDE?DDDEBBB?????  AS:i:94 XS:i:68 XN:i:0  XM:i:0  XO:i:0  XG:i:0  NM:i:0  MD:Z:47 YT:Z:UU

1 个答案:

答案 0 :(得分:0)

如果您使用awk,则可以执行以下操作:

awk '$3~/^6-1/' file
hg38_gold_AC246787.2-87811  16  6-1*anc 259 2   47M203S *   AACTCTGTGACTCCCGAGGACACGGCTGTGTATTACTGTGCAAGAGACACAGTGAGGGGAAGTCAGTGTGAGCCCAGACACAAACCTCCCTGCAGGGATGCTCAGGACCCCAGAAGGCACCCAGCACTACCAGCGCAGGGCCCAGACCAGGAGCAGGTGTGGAGTTAAGCAAAAATGGAACTTCTTGCTGTGTCTTAAACTGTTGTTGTTTTTTTTTTTTTTTTGGCTCAGCAACAGAGATCATAGAAAA  CGFEGEG:C:G4E;CGEE*CC?G:?GG?GGECFCHFAECF:FAFEG*GGE6?0GCGE;GGEFFCEG:GGG/ECGG+GGF?2GEGGEGDGEEEEEF/EECGGGGGEGGGFGGGGGEGDGEHGEFGF5EG=GGFEHGDFHFHEEIHGGFHHFGGIHGHHHHHI-IHIHHIIEFICIIAHGHFHHIHIDGFCHHIHEHHIIFIDIHIHHGHFIIGIHFIFIEHHIFIIHHIFFGFFFDDE?DDDEBBB?????  AS:i:94 XS:i:68 XN:i:0  XM:i:0  XO:i:0  XG:i:0  NM:i:0  MD:Z:47 YT:Z:UU

只会获得第三个字段以6-1

开头的行