使用互信息作为相似性度量的分层聚类？

Question

我想使用scipy.cluster.hierarchy.linkage计算数据上的链接结构。我需要使用的相似性度量是Mutual Information。我可以轻松地计算出相应的相似度矩阵。但是，linkage函数只接受距离矩阵。

使用scipy（或其他python库），如何使用Mutual Information作为相似性度量来计算链接结构？ 我可以将一个similin矩阵转换为距离矩阵吗？

Answer 1

根据@cel指出的paragraph on wikipedia，Jaccard distance是互信息的距离变体。来自scipy的模块distance.pdist支持使用Jaccard距离计算距离矩阵。