使用R读取GSE表

Question

我通过在R，

中运行此命令来下载补充文件

filePaths = getGEOSuppFiles("GSE60341")

这创建了两个文件，

1）GSE60341_nanostring_processed_data.txt;和

2）GSE60341_RAW

如何将R读取GSE60341_nanostring_processed_data.txt作为有意义的数据框？

提前致谢。

Answer 1

read.table可能是最好的选择，甚至可以读取* .gz文件：

temp <- read.table("GSE60341/GSE60341_nanostring_processed_data.txt.gz")
> dim(temp)
[1]  251 1950

有一个很棒的GEOquery教程here