Untar和gzip压缩来自多个子目录

时间:2015-01-27 05:39:17

标签: linux gzip tar

我有一个由多个子目录组成的目录。每个子目录都有一个tar.gz文件,在untar上有两个文件,即dirname_R1.fastq和dirname_R2.fastq。我想解压tar文件并在管道后立即压缩dirname_R1.fastq和dirname_R2.fastq,并将每个子目录的输出(dirname_R1.fastq.gz,dirname_R2.fastq.gz)保存到另一个SINGLE目录中。

sourcedir=/sdir
destdir=/ddir

for f in $sourcedir/*; do
  fbase=${f##*/}   
  echo "Inside $fbase"
  tar -xvf $f/*.gz |gzip -n9 $f/*.fastq > $destdir/
done

我写了上面的代码,但直到echo命令。

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