确定每个子集的相关性

Question

致我的同事们，

我一直在网上搜索这个问题的答案，我完全被难过了。

很简单，我试图在我的ggplot2图上显示斜率（y = mx + b）和R平方值（使用RStudio）。

在我的实验中，我测量细菌对不同培养基成分（食物来源）的反应。因此，在一个图中，我有许多面板（或子集），每个面板具有不同的R ^ 2和斜率。在这个例子中，我有6个不同的子集，所有子集都有完全相同的轴。

为此，我创建了一个＆＃34; MasterTable＆＃34;

MasterTable <- inner_join(LongRFU, LongOD, by= c("Time.h", "Well", "Conc.nM", "Assay"))

以长表格式显示所有原始值（子集称为Assay）。

然后我创建了第二个表，它只显示6个子集的R平方值：

确定每个子集的相关性

Correlation <- ddply(MasterTable, .(Assay), summarise, cor = round(cor(maxRFU, Conc.nM), 3))
Correlation$Rsquared <- (Correlation$cor)^2
Correlation$Rsquared <- round(Correlation$Rsquared,3)

使用此命令，我已设法在我的图形的所有子集中显示R ^ 2（ggplot命令如下）。

计算回归的斜率和截距：

slope <- dlply(MasterTable, .(Assay), lm, formula = (maxRFU ~ Conc.nM))
m <- lm(MasterTable$Conc.nM ~ MasterTable$maxRFU)
a <- signif(coef(m)[1], digits = 2)
b <- signif(coef(m)[2], digits = 2)
textlab <- paste("y = ",b,"x + ",a, sep="")
print(textlab[1])

创建ggplot

ggplot(data=MasterTable, aes(x=Conc.nM, y=maxRFU)) + 
    geom_point(shape = 21, size = 2, colour = "black", fill = "#606060") + 
    geom_smooth(method = "lm", colour = "#001170", se=TRUE) + 
    geom_text(data=Correlation, 
            aes(label=paste("R^2=", " ", Rsquared, sep="")), x=200, y=550) + 
    annotate("text", x = 200, y = 500, label = textlab, color="black", 
              size = 5, parse=FALSE) + 
    geom_errorbar(aes(ymin=maxRFU-sdRFU, ymax=maxRFU+sdRFU), width=.05, 
                  colour="#4b4b4b", linetype = "solid", size = 0.1) +
    theme(panel.background = element_rect(fill="white", 
          linetype = "solid", colour = "black"), 
          legend.key = element_rect(fill = "white"), 
          panel.grid.minor = element_blank(), panel.grid.major = element_blank()) + 
    facet_grid(. ~ Assay) + 
    labs(title="Calibration curves", y="Max RFU", 
         x="As(III) concentration (nM)")

StackOverflow不允许我发布图片...所以我已将其上传到我的包装盒帐户：

Calibration curves

现在你看到了我的问题？

所有子集都显示完全相同的斜率。我似乎无法找到解决方案，我非常感谢你对此事的帮助。

我也有一个奖金问题。这是一个愚蠢的，但如果有人知道如何修复它会很棒。我真的想在下标中显示R ^ 2值，就像它显示在这个链接中： Subscript in ggplot

哦，最后的奖金问题：我似乎无法放置一个＆＃34; cap＆＃34;在错误栏上......

再次感谢所有关于此事的帮助，

玛蒂

Answer 1

eipi找到了答案。我对我的代码进行了一些修改，现在它正在运行。

Intercept <- ddply(MasterTable, .(Assay),function(x) coefficients(lm(maxRFU~Conc.nM,x)))
names (Intercept) <- c("Assay", "Intercept", "Slope")
Intercept$Intercept <- round(Intercept$Intercept,0)
Intercept$Slope <- round(Intercept$Slope,3)

ddply行添加了一个如下所示的表：

                Assay   Intercept    Slope
1               B-GMM    601.2766  0.3758356
2       B-GMM + As(V)   1271.3436 -0.5405553
3 B-GMM + As(V) + PO4    699.9420  0.8970737
4         B-GMM + PO4    720.5684  1.0486098
5                 GMM    749.9787  1.9294352
6         GMM + As(V)    768.1253  1.4962517

然后，在ggplot中，我添加了以下行：

geom_text(data=Intercept, aes(label=paste("y = ",Slope,"x + ",Intercept, sep="")), x=200, y=500)

就这么简单。

再次感谢！

显示ggplot2（facet_grid）中多个子集的回归斜率

确定每个子集的相关性

计算回归的斜率和截距：

创建ggplot

1 个答案: