Question

我有一个包含28列的大文件，包含3个不同的代码（0 / 0,1 / 1和0/1），我想将其转换为单词。这个文件有数百万行，每行都用＆＃34; Chr＆＃34;

开头

Chr10_102 T G 999 DP 38 DP4 37 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 
Chr1_111 C T 999 DP 37 DP4 37 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 ...

我想转换28列和所有行中的每一行中的代码，如下所示：

0/0至no_variant
1/1至homo
0/1至het

怎么做？我之前转换过，但我只有一个列有2个代码（0/1和1/1），现在我有28列要转换和3个代码，我用过

awk '{if ($9=="0/1") {print $0,"het"} else{print $0}}' | awk '{if ($9=="1/1") {print $0,"hom"} else{print $0}}'

非常感谢

克拉丽莎

Answer 1

sed 's|0/0|no_variant|g; s|1/1|homo|g; s|0/1|het|g' file

作为awk，那将是

awk '{gsub("0/0","no_variant"); gsub("1/1","homo"); gsub("0/1","het")} 1' file

如果由于某种原因需要逐列，请使用for循环：

awk '
    BEGIN {c["0/0"] = "no_variant"; c["0/1"] = "het"; c["1/1"] = "homo"} 
    {for (n=9; n<=NF; n++) {$n = c[$n]}; print}
' file

如何在不同列中转换每个单词的不同数字（unix）

1 个答案: